MLST方法原理、数据处理和应用的介绍.pptVIP

ICDC, China CDC MLST方法原理及应用介绍 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 传染病预防控制国家重点实验室 周海健 分型方法 分辨力 分型力 可重复性 可比性 操作难易程度 一次实验周期 实验通量 实验费用* 核糖体分型（Ribotyping） 好 好 好 中等 一般 一天 小 低 随机扩增PCR（RAPD） 一般 好 一般 中等 容易 一天 大 低 扩增片段长度多态性（AFLP） 较好 较好 好 中等 一般 两天 中等 中等 多位点序列分型（MLST） 一般 好 好 好 一般 两天 大 高 脉冲场凝胶电泳（PFGE） 较好 较好 较好 较好 一般 两天 小 中等 多位点串联重复序列（MLVA） 较好 较好 较好 较好 一般 一天 大 低 常用细菌分子分型方法的比较 分子分型主要的三种实验数据形式 1. 图像数据： 脉冲场凝胶电泳（PFGE) 随机扩增多态性DNA分析（RAPD) 扩增片断长度多态性分析（AFLP） 核糖体分型（Ribotyping） 2. 分类数据： 多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA） 多位点序列分析（MLST） 单碱基核苷酸多态性分析（SNP） 3. 序列数据： 全基因测序 特异基因、基因簇测序（如军团菌的mip基因测序、脑膜炎奈瑟菌的PorA和FetA分型、16s rRNA基因测序） 分型的三个层次 相似度比较（Pairwise similarities） 种群结构分析（Population modelling） 遗传进化关系分析（Evolutionary modelling） PFGE: 引起两株细菌分型数据不同的遗产事件 MLVA：VNTR位点滑链突变 MLST：管家基因的点突变 大片段的插入、缺失、重组等 酶切位点的点突变 质粒的获得、丢失 MLST基本原理 菌株编号 abcZ adk aroE fumC gdh pdhC pgm MLST型 NM201101 1 1 2 1 3 2 19 ST-7 NM201102 2 3 4 3 8 4 6 ST-11 NM201103 2 3 4 3 8 4 6 ST-11 NM201104 222 3 58 275 30 5 255 ST-4821 细菌染色体 abcZ 测序结果 1 2 3 222 222 222 DNA提取 管家基因扩增 分离鉴定 标本采集 可靠的序列 MLST分型流程 序列分析 纯菌培养 测序 构树 （1）已分离到细菌：细菌培养，提取DNA。用试剂盒或者水煮法提取均可以。 （2）未分离到细菌的标本（脑脊液、血液、咽拭子、肺泡灌洗液等）：用标本直接提取细菌DNA，只能用试剂盒提取。 DNA提取 /neisseria 脑膜炎奈瑟菌MLST数据库 / 流感嗜血杆菌MLST数据库 .uk/ legionella/legionella_sbt/php/ sbt_homepage.php 嗜肺军团菌SBT（MLST）分型数据库 网站提交 获得分型结果 http://mlst.ucc.ie/ 沙门氏菌MLST数据库 MLST结果 MLST适合用于长期的、大范围的流行病学调查和监测菌群结构变化，研究地域性传播和流行性变迁。 管家基因序列的变化速率慢，多态性相对于其他基因组分更小，目前认为MLST不能单独作为暴发溯源的工具。 两株细菌MLST分型结果相同，表示这两株细菌属于相同的克隆或者克隆群，不能认为他们之间有流行病学联系。 2005-2012年234株脑膜炎奈瑟菌MLST分析 MLST应用实例一：脑膜炎奈瑟菌种群结构现状分析 1956-2012年流脑主要血清群流行菌株分子型别变迁 MLST应用实例二：脑膜炎奈瑟菌菌群变迁 MLST应用实例三：环境军团菌菌群结构分析 2005-2012年中国7个城市环境分离164株血清1型嗜肺军团菌种群结构特征 中、日、韩三国环境分离血清1型嗜肺军团菌种群结构特征 MLST应用实例四：霍乱弧菌菌群结构特征分析 160株O1群霍乱弧菌MLST分析最小生成树 160株O1群霍乱弧菌MLST分析Neighbor-joining树 MLST应用实例五：副溶血弧菌菌群结构特征分析 谢 谢 无法区分：分离株有相同的带型，包括条带的数目和位置。这些分离株为同一菌株。 高度相关：如果PFGE带型仅有因一次基因事件引起的带型变化，这些菌株就被定义为高度相关菌株。这些仅有两到三个条带变化的情况常见于反复传代以及从同一病人中多次分离的菌株。 可能相关：PFGE带型与爆发菌株带型变化有两个独立的