原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
实验四.多序列比对
一.实验目的：
在多序列分析中，多序列比对具有广泛的应用，是许多其他分析的基础和前提，比如进化发生分析、构建位置特异性打分矩阵、找到一致序列等，本实验的目的是熟悉多序列比对相关的操作和编辑方法。
二.实验基本要求：
了解和熟悉多序列比对的原理和基本方法。
三．实验内容提要：
使用CLUSTALW算法，比对一组蛋白质序列，该序列属于RAD51‐RECA，在DNA的复制阶段起重要作用，这些序列可以从NCBIgenbank、Uniprot等序列服务器获取，序列的索引号码为：P25454，P25453，P0A7G6，P48295。将这些序列保存在一个文本文件。如果查询到的序列不止一个的话，选择第一个。
练习使用EBICLUSTALW（http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/）；
b.将序列数据拷贝复制到窗口中；
c.采用默认参数进行比对；
回答：clustalw算法的基本原理？
2.在BAliBASE网站查找一组蛋白质：1csy。这些蛋白质的一致性为20‐40%，
属于BAliBASE参考序列1。正确的比对结果网址如下：
http://bips.u‐strasbg.fr/en/Products/Databases/BAliBASE/ref1/test1/1csy_ref1.html
这一序列名称分别为p43405,p62994,p23727,p27986.获取这4条序列的fasta格式，放在一个文本文件中，选择ebi网站上（http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/）的至少四个多序列比对工具（如MAFFT、MUSCLE、CLUSTALW、ClustalOmega、T‐Coffee、DbClustal）进行分析。
三．实验结果：
1.使用CLUSTALW算法进行比对
2
A.获取4条序列信息：
B.打开http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/
建立引导树，在引导树的指导下运用CLUSTALW算法进行比对：
五.回答问题：
CLUSTALW算法基本原理：
首先进行所有序列之间的两两比较，计算出他们之间的分化距离矩阵；然后从分化距离矩阵中计算出作为指导多序列比较顺序的树状分枝图；最后根据树状图的分支关系，按照分化顺序逐个地把序列加入多序列比较过程。
文档评论（0）