筛选高低级别星形胶质细胞瘤.PDF

生堡控丝之E登盘查!螋!生!；旦筮丝鲞筮!!魍堡h也』塑!!!!鲤垡：堕!!坚!!鲤§：№!丝：塑垒12 ·919· ．1临床论著． eDNA芯片和Oligo芯片结合Meta分析 筛选高低级别星形胶质细胞瘤 特异性靶标研究 姚智强 卢亦成 胡国汉 陈菊祥骆纯楼美清 李瑶 马昭荣 魏庆 【摘要】 目的 筛选高级别与低级别星形胶质细胞瘤之间的特异性差异基因，并结合Meta分 析法对不同样本在两种不同芯片和不同平台研究的结果进行综合。方法 (1)采用eDNA芯片建立 33张星形胶质细胞瘤基因表达谱，Oligo芯片建立17张星形胶质细胞瘤表达谱芯片，筛选低级别 (I、Ⅱ级)和高级别(Ⅲ、Ⅳ级)星形胶质细胞瘤间的差异基因，并对其生物信息进行分析；(2)利用 挖掘出的基因数据采用Fisher判别、支持向量机法和贝叶斯混合协变量分析法对高、低级别胶质瘤进 行判别检验；(3)对两种不同芯片得出的数据采用Meta分析法进行综合分析。结果cDNA表达谱 芯片星形胶质瘤I、Ⅱ级与Ⅲ、Ⅳ级间的分型基因148条；Oligo芯片数据找到高、低级别之间判别基 因46条，对胶质瘤样本可达到85％以上预测率；生物信息分析发现靶基因与众多生物功能相关，对 两种芯片的表达谱数据的Meta综合分析结果发现一些功能还尚不清楚的差异基因，值得深入研究。 结论不同样本在不同平台、不同芯片中的数据不尽相同，Meta分析能较好地减少芯片数据的误差， 筛选出的基因可作为进一步研究的靶基因。 【关键词】 星形胶质细胞瘤；Meta分析；标志物 the markersof andlow wim withmeta- Findingspecific high gradegliomascDNA．Oiigomicroarray YAO analysisZlIli-qiang‘，￡UYi—cheng，HUGuo—han，CHENJu-xiang，LUOChun，LDUMei—qing， LIYao，MA Zhao—rong，形酣Qing．’DepartmentofNeurosurgery，ChangzhengHospital，SecondMilitary Medical University，Shanghai200003，China 一 一 author：LU CorrespondingYi—cheng。Email：lyc305@126．com Toselectthe betweenandlow 【Abstract】Objective differentiallyexpressedgenes hish grade Use鹪a of andtreatment．andtheresultofdifferent twokinds sliom∞to targetdiagnosis analyze samplesby of ondifferent cDNA wasusedtoconstruct microarray platformsusingmeta—analysis．Methodsmieroarray 17 of 33setsof wasusedtoconstructsets gliomageneexpressionprofiles．Oligomieroarmy gliomagene vector Covariatewe陀 machine(SVM)andComp