高通量测序技术及其在肿瘤研究中的应用剖析.PPT

Company Logo 你们好 汇报人： 目录 背景介绍 1 测序的流程 2 对肿瘤研究的方法 3 总结 4 一、背景介绍 高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。  什么是高通量测序? 第二代测序 第三代测序 第一代测序 传统的化学降解法、双脱氧链终止法以及在它们的基础上发展来的测序技术统称为第一代测序。它在分子生物学研究中发挥过重要的作用，如人类基因组计划 主要包括罗氏454公司的454测序技术 、Illumina公司的Solexa测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术 。第二代测序技术最显著的特征是高通量，一次能对几十万到几百万条DNA分子进行序列测序 第三代DNA测序技术是以单分子测序为特点，如生物科学公司的单分子测序仪，以及正在研制的太平洋生物科学公司的单分子实时DNA测序技术和牛津纳米孔技术公司的纳米孔单分子测序技术等 2005年开始 20世纪80年代中期 正在研发 测序的发展历程 目前常说的高通量测序是指用第二代测序技术来进行测序，第三代测序技术还不是很成熟，有的刚刚出现，有的则正在研制 公司 平台名称 测序方法 检测方法 大约读长 优点 相对局限性 Roche/454 基因组测序仪FLX系统 焦磷酸测序法 光学 230-400 在第二代中最高读长；比第一代的测序通量大 样品制备较难；难于处理重复和同种碱基多聚区域；试剂冲洗带来错误累积；仪器昂贵 Illumina HiSeq2000,HiSeq2500/MiSeq 可逆链终止物和合成测序法 荧光/光学 2x150 很高测序通量 仪器昂贵；用于数据删节和分析的费用较高 ABI/Solid 5500xlSolid系统 连接测序法 荧光/光学 25-35 很高测序通量；在广为接受的几种第二代平台中，试剂成本最低 测序运行时间长；读长短，造成成本高，数据分析困难和基因组拼接困难；仪器昂贵 第二代主要的测序平台 主要的测序平台 数据分析 样品的制备 文库的构建 二、测序流程 测序的流程 上机测序 Description of the company’s products Description of the company’s business Description of the company’s technology Description of the company’s contents 1. 对测序后生成的数据进行分析 2. 普通的分析：去除低质量数据，进行序列组装，评估测序质量等 3. 高级分析：对基因进行注释，分析表达情况、构建互做网络等 1. 在第二代测序仪上进行测序，设定程序 1. DNA序列打断、RNA序列要反转录为DNA序列再打断（超声破碎）200-300bp 2. 加接头，电泳选择片段大小 3. PCR扩增，转到Flowcell上 4. 文库质检（QPCR) 1. 组织样品的培养或病理样品的收集 2. 样品总DAN、RNA的提取 3. 质检（总量、纯度、完整性、有没有降解等） 三、对肿瘤研究的方法 DNA 1.实体肿瘤基因组学研究 2.血液肿瘤基因组学研究 3.表观遗传学研究 4.免疫组学研究 高通量测序在肿瘤 研究的应用 RNA 1.实体肿瘤转录组学研究 2.血液肿瘤转录组学研究 3.Exosome研究肿瘤细胞通讯、扩散机制 DNA方向 1.实体肿瘤基因组学研究 一.研究目的和意义 寻找适用于肿瘤早期诊断、肿瘤分型、病程发展（恶化和转移）和预后的基因组分子标记，筛选药物的靶标。 二.研究对象 实体肿瘤的鉴别，按照临床病理分类，例如：肺癌、胃癌、肝癌、结肠癌、乳腺癌、宫颈癌、胰腺癌、膀胱癌、食道癌、肾癌等。 三.测序方案 Exome capture seq（外显组捕获测序）描绘基因组外显子区域的SNV（单核苷酸变异），Indel（插入 缺失）、CNV（拷贝数变异），分析基因变异和