生物分子几何及图形学研究.ppt

面向生物大分子的交互可视环境 - 生物大分子复杂三维结构的实时显示 - 生物大分子结构及属性的实时分析和交互可视化 - 适合生物学家深入探索的用户交互界面 - 具自主知识产权的、面向生物大分子的交互可视、 分析软件 主要研究内容 普通生物学强调蛋白质相互作用的现象及功能信息，对作用方式、作用部位不能清晰揭示。 研 究 特 色 结构生物学强调能量信息（化学键和电子云），目前仅限于单分子或双分子。 研 究 特 色 基因组学的研究偏重于基因组 序列的比对、分析和解释，一般采用基于统计的方法。 研 究 特 色 以计算机为辅助工具，通过对蛋白质分子静态和动态的几何及拓扑信息的表征，使对微观结构的探测、分析过程达到可视化、精确化、可预测化。 20世纪生物学最宏伟的计划“人类基因组作图与测序”已近于完成。 生命科学的研究正步入崭新的蛋白质组学时代。 总 结 总 结 生物分子几何及图形学研究对进一步揭示生物分子结构与功能之间的关系，加深对生命本质的认识，从而发现疾病诊断和治疗的“钥匙”具有重要的意义。 从科学重大需求来讲，是利用计算机探测微观世界所必需。 总 结 从现实世界实际需求来讲，与人类健康及疾病预防、治疗密不可分。 谢谢大家！ * 生物分子几何及图形学研究 背景 基因及蛋白质简介 蛋白质结构的图形描述 研究目标 主要研究内容 研究特色 总结 内 容 提 要 随着信息技术的高速发展，数字化浪潮席卷全球。 背 景 目前对宏观世界的建模已经得到了广泛研究。 21世纪是生命科学的世纪，人们的视野逐渐转入构成生命的微观结构以及它们之间的相互作用。 蛋白质：人类健康长寿的希望 人体基因数目仅比低等生物线虫多两倍。如此少的基因是如何创造出人体如此复杂的生命活动的？ 人体基因的主要功能是通过蛋白质来实现的，蛋白质扮演着构筑生命大厦的主要角色。人体中大约有10万种蛋白质。 蛋白质：人类健康长寿的希望 蛋白质是生命活动的物质基础，具有防御、调节、催化、收缩、储存、运输、运动、缓冲等多种生命功能。 如果蛋白质不足、结构有误或缺损，其功能就会失调，人体就会生病。 蛋白质：药物设计的钥匙 近年来新型功能蛋白的不断发现，为人类征服癌症、艾滋病、帕金森氏症、老年痴呆症、糖尿病等开辟了光明前景。 － 日本国立癌症中心：乳铁蛋白具有预防大肠癌发生与 扩散的作用，计划从牛奶中提取它并制成抗癌药物。 － 上海药物所等单位：完成SARS病毒的3个关键蛋白的表 达，并进行了初步的验证。其中一种蛋白已开始用于 抗SARS病毒药物的体外筛选。 － …… 基 因 基因是一段DNA（脱氧核糖核酸分子）双链。 － 碱基成对出现: ---ATCGGCC--- ---TAGCCGG--- 基因表达中的信息流 中心法则（The Central Dogma） 蛋白质翻译 蛋白质的组成 氨基酸是蛋白质的单体。天然存在于蛋白质中的氨基酸共有20种。氨基酸由肽键相连形成多肽链。 蛋白质折叠 折叠漏斗 折叠时间极短 蛋白质结构的层次 一级结构 - 氨基酸序列 二级结构 - 主要由氢键稳固的局部构象， 如?-helix, ?-sheet等 三级结构 - 三维构象 四级结构 - 多个多肽链的组合 蛋白质功能与结构的关系 功能=运动着的结构！ 蛋白质的相互作用 生命由蛋白复合物纳米机器运转着… Examples - 癌症形成的重要机制之一 - 细菌的排药性 蛋白质的相互作用 癌症形成的重要机制之一 - 转录因子的持续激活（P53） 蛋白质的相互作用 细菌的排药性 - AcrA AcrB Tol C - 乙酰螺 旋霉素 抗性 计算机辅助药物设计 充分认识和彻底了解人和 生物体内活分子(living molecules)的运动规律， 无疑是21世纪化学亟待解 决的重大难题之一。 －徐光宪院士 现有药物 筛选模式 - HTS: High Throughput Screening - 困难：无体内活性 计算机辅助药物设计 蛋白质结构的图形描述 线框表示 棍状表示 蛋白质结构的图形描述 球棍表示 CPK表示 蛋白质结构的图形描述 带状表示 管片表示 蛋白质结构的图形描述 分子表面 - 分子可视化 - 分子对接 - 基