第二节蛋白质结构.pptVIP

相同亚基的异种缔合相互作用的表面是不同的。异种缔合是开放末端的结构。 许多蛋白质借异种缔合可以几乎无限聚合，形成线性或者螺旋形的大聚合体。 相同亚基间的缔合：同种缔合和异种缔合不同亚基间的缔合 同种缔合相互作用的表面是相同的，形成的结构式一个封闭的二聚体。 维持蛋白质构象的化学键 疏水键、离子键、氢键和 Van der Waals力等。 氢键：羰基氧与酰胺氢之间形成的氢键是稳定蛋白质二级结构的主要作用力。 侧链与侧链、侧链与介质水、主链肽基与侧链、主链肽基与水 X H y 大多数蛋白质采取的折叠策略是使主链肽基之间形成最大数目的分子内氢键，与此同时，保持大多数能形成氢键的侧链处于蛋白质分子的表面与水相互作用。 范德华力 包括引力和斥力两种相互作用。范德华力只有当两个非键合原子处于一定距离时才能达到最大。 疏水作用 两个非极性基团为避开水相而群集在一起的作用力。对于稳定蛋白质三维结构有重要作用。 不是疏水基团之间有什么吸引作用，而是疏水基团或疏水侧链出于避开水的需要而被迫接近。 离子键 正电荷与负电荷之间的静电相互作用。大多数情况下，带电基团都分布在球状蛋白质分子表面，与介质水发生电荷-偶极之间的相互作用，形成排列有序的水化层。 配位键 两个原子由单方面提供共用电子对形成化学键。蛋白质与金属离子结构中常含有配位键。 二硫键 在二硫键形成之前，蛋白质分子已经采取了它特有的三维结构。 二硫键的形成不规定多肽链的折叠。蛋白质形成的二硫键能够稳定三维结构的存在。 测定步骤 (7)测定每个肽段的氨基酸顺序。 蛋白质一级结构的测定 ABCDE ↓ *ABCDE ↓ *A，*AB，*ABC，*ABCD，*ABCDE ↓ *A,*A+B,… … *A+B+C+D+E ↓ *A,*A+*B,… … *A+*B+*C+*D+*E 1 2 3 4 5 结论：A B C D E FDNB FDNB 完全水解 部分水解 (7)测定每个肽段的氨基酸顺序。Sanger降解法 Edman 降解法 一般测定步骤 (8)确定肽段在多肽链中的次序。 利用两套或多套肽段的氨基酸顺序彼此间的交错重叠，拼凑出整条多肽链的氨基酸顺序。 重叠法 －－－－－－－－－－－－－ 多肽 ↓ →→→→→ →→→→ →→→→→→ →→→→ ↓ 氨基酸序列 蛋白质一级结构的测定 一般测定步骤 (9)确定原多肽链中二硫键的位置。 蛋白质一级结构的测定 一般采用胃蛋白酶处理没有断开二硫键的多肽链， 再利用双向电泳技术分离出各个肽段，用过甲酸处理后，将可能含有二硫键的肽段进行组成及顺序分析，然后同其它方法分析的肽段进行比较，确定二硫键的位置。 二硫键位置的确定 蛋白质一级结构的实例 蛋白质中氨基酸顺序的测定 用几种酶或试剂把蛋白质水解成大小不同的片段，找出重叠部分，确定顺序。 例1：有一个九肽， 用胰蛋白酶水解得到：（1）Ala-Ala-Trp-Gly-Lys,(2) Thr-Phe-Val-Lys; 用糜蛋白酶水解得到: (3)Val-Lys-Ala-Ala-Trp, (4)Thr-Phe, (5)Gly-Lys; 确定此九肽的氨基酸顺序。 顺序为：Thr-Phe-Val-Lys- Ala-Ala-Trp-Gly-Lys 核酸推导法 优点：DNA测序技术成熟；对于经典化学难以分析的大分子蛋白质或生物体含量很低的蛋白质有效。 可与经典化学测序护卫补充。 二 蛋白质的二级结构 肽链中的肽平面 多肽链的主链由许多酰胺平面组成，平面之间以α碳原子相隔。而Cα-C键和Cα-N键是单键，可以自由旋转，其中Cα-C键旋转的角度称ψ，Cα-N键旋转的角度称φ。ψ和φ这一对两面角决定了相邻两个酰胺平面的相对位置，也就决定了肽链的构象。 蛋白质的二级结构(secondary structure)是指蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构象 。 定义： 主要的化学键： 氢键 主要形式： 蛋白质的二级结构 ?-螺旋 ( ? -helix ) ?-折叠 ( ?-pleated sheet ) ?-转角 ( ?-turn ) 无规卷曲 ( random coil ) ① 蛋白质多肽链像螺旋一样盘曲上升，每3.6个氨基酸残基螺旋上升一圈，每圈螺旋的高度为0.54nm，每个氨基酸残基沿轴上升0.15nm， 螺旋上升时，每个残基沿轴旋转100o。 ②