疾病遗传大数据挖掘——从GWAS到EWAS姜永帅Email.ppt

comparing the DNA methylation disequilibrium maps between HapMap CEU population and YRI population 人群间epi-allele频率分布相似 人群间epi-allele频率分布相似 rare common 人群间epi-allele频率分布相似 rare 稀有SMP占比： 稀有M的SMP占比高于稀有U位点 稀有M的位点占比在人群中无差别 稀有U的位点占比在人群中有差别 稀有M的SMP与稀有U的SMP在人群间无交集 人群间epi-allele频率分布相似 common 群体频率： SMP-allele frequency 与 SNP-allele frequency 分布存在明显差异 SMP SNP 常见SMP： SMP位点的M等位在人群中的比例 ，呈现出群体特性。 群体效应 大部分SMP：群体中两个等位无关联 SMP两个等位相关联（互斥或协同） 大部分SMP等位关联关系为：互斥 等位互斥的SMP与等位协同的SMP在人群间无交集 比较LD与MD：LD高于MD SNP SMP 比较LD与MD：LD高于MD SNP SMP 欧裔高于高非裔 比较LD与MD：LD高于MD SNP SMP LD衰减长度500kb MD衰减长度1kb EWAS for single marker EWAS for meplotype GWAS+EWAS 助力疾病发病风险检测 深度融合 Population level 人类营养联盟 (The human Nutrition Atlas Consortium, HNAC）, 成立于2012年，发起并组织实施“人类营养图谱计划 (The human Nutrition Atlas Project, HNAP)，目前一期项目万人营养图谱计划已经完成。二期项目“百万人营养图谱计划”和“营养基因组计划”正在开展中，欢迎加入联盟，共同推进健康事业发展。 HNAC The human Nutrition Atlas Consortium THANK YOU! * * * * 疾病遗传大数据挖掘 —— 从GWAS到EWAS 姜永帅 Email：jiangyongshuai@ 2017 中国·重庆 背 景 需要人群遗传背景 遗传风险检测的核心 评估个体发病风险 基因遗传风险标志物筛查 个体基因组 （芯片、测序数据） 个体环境数据 （性别、吸烟、饮酒等） 遗传风险标志物 糖尿病 高血压 健康/营养干预 该戒酒了 每天跑步40分钟 国务院颁布的《国家中长期科学技术发展规划纲要（2006－2020）》指出，重大疾病防治要战略前移，重点研究开发重大疾病的早期预警和诊断、疾病危险因素早期干预等关键技术，这为重大疾病的预防和治疗指明了方向。 复杂疾病遗传关联分析： 复杂疾病是由遗传因素与环境因素共同作用的结果，探索影响复杂疾病发生、发展的遗传因素，是遗传学的重要任务。研究人员期望从疾病个体和正常个体的比较中来发现基因组上的差别，进而寻找引起疾病的基因。 目的： 寻找哪些SNP与疾病相关？ 正常 疾病 A A A T A T T T A T A T A T A T SNP1 SNP2 关联非因果 GWAS: genome-wide association study GWAS: genome-wide association study Genome-wide single marker association study GWAS Genome-wide haplotype association study Genome-wide pathway based association study Genome-wide meta-analysis association study Genome-wide network based association study Genome-wide gene based association study GWAS: genome-wide association study GWAS: genome-wide association study GWAS 2012年1月13日 GWAS: genome-wide association study 2017年7月6日 GWAS: genome-wide association study GWAS: genome-wide association study http://www.ebi.ac.uk/gwas GWAS: genom