从氨基酸残基的静态可及性探讨组蛋白的分子进化.pdfVIP

? 2 7一年 动 物 学 研 究 1997，18 (4)：429--435 CN 5~ 1040／Q ISSN 0254—5853 ZoologicalResearch 从氨基酸残基的静态可及性 探讨组蛋白的分子进化 董室 全 (中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室 昆明 650223) 摘要 本文以蛋白质氨基酸残基的静态可及性为指标，分别探讨了H2、H：、H H 这 4。种组蛋白分子的进化关系．并获得 rH 、H：和 H、各 自相应的分子系统树。该研究从分子 进化的角度表明．在构成核小体的这 4种组蛋白分子中，组蛋白H 的保守性最大。作者推 测，与其他几种组蛋白相比，在维持染色体的结掏、功能以及在 染色体的起源上．组蛋白H 关键 词 ． 里兰旦： 查丑丝丝，竺王堂 ：三维结掏 罄 分子进化的研究表明，在分子水平上，蛋白质的三维结构可为研究其进化关系提供非 常有用的信息，在进化差异上有作用的绝大多数约束都体现在三维结构水平上，而且在进 化上，生物大分子的三维结构具有 比其序列更大的保守性(Bajaj等，1984；Johnson等 1990)。 由于球蛋 白的天然结构仅存于水溶液环境中，因而对其与水相互作用的分析是蛋 白质 结构理论的核L,(Kauzmann， 1959) 为了研究蛋 白质与水的相互作用，Lee等(1971)引 入 了“可及表面”(或称 “静态可及性”)的概念，对与水接触的蛋白质表面原子面积的大小进 行定量描述。蛋 白质的表面可及性不仅可以反映蛋白质与其他分子的接触程度、蛋 白质分 子的面积、体积等 ，而且还可为确定蛋白质与其他分子发生反应的位置提供有意义的信 息。因此，一些人就蛋白质表面可及性的计算、可及性与蛋 白质折叠的关系以及通过研究 这种关系来大概地预测蛋白质的三维结构等方面进行了一系列有意义的研究。 目前普遍认为，组蛋 白分子在进化上具有极大的保守性，而且在真核生物的染色体 中，由4种组蛋 白分子八聚体所构成的核心颗粒是染色体结构的的基本单元——核小体的 重要组成部分。因此，有关组蛋 白结构与分子进化的研究，特别是对组蛋白分子三维结构 与进化关系的研究，将会对染色体结构、功能与进化关系以及分子遗传学中若干重要问题 的研究起到积极的推动作用。然而，有关组蛋白三维结构与其进化关系问题的研究，至今 · zi南省应用基础研究科学基盘资助项 日 本文 l996年3月 7日收到 同年 6月 6日修回 430 动 物 学 研 蔸 】8卷 仍未见报道。这主要是由于技术方面的原因，目前人们仍无法获得组蛋白分子的晶体结构 数据。可及性的变化可以为从 一级结构推测三级结构提供一个量的依据 (Lee等．1971； Richards，1977)，因此，可及性 中包含着蛋 白质三维结构的某些信息。此外，表面可及 性已披广泛用于研究单个氨基酸残基在蛋白质三维结构中的溶剂可及性。一般来讲，溶剂 不可及的残基 的突变率 比那些位于分子表面的溶剂可及的残基有较低的突变率 (Chothia 等，1986；Hubbard等，1987；Lim等，1989)；不 同可及性氨基酸残基的可变性和保守 性大不相 同，溶剂不可及的残基通常较为保守(Overington等，1990，1992jTopham 等，1993)，因此，可及与不可及残基替换模式的不同反映 了这两类残基保守性的差异 (Wako等，1994)。基于上述观点，本文利用组蛋 白分子在伸展和天然两种状态下氟基酸 分子的静态可及性，就 H2A、H2 H3和 H44种类型组蛋 白分子的系统演化关系进行了 探讨。 1 方法 首先，我ff]~iJ用蛋 白质氨基酸残基在伸展和天然折叠状态 中的可及性值(Ckotkia， 1976)，通过下式计算出各种组蛋 白分子相互问在静态可及性上的相似度 f，然后，通 过对所获得的Ri值进行模糊聚类分析(