进化树(精美自制).ppt

;主要内容;1.系统发生树的相关概念;基因进化树的定义;进化树的基本概念;系统发生树可分为有根树和无根树;2.系统发生树的构建方法; 首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系。; 近邻归并法是由非加权分组平均法（UPGMA）法演变出的另一种常用的方法，强调配对物种，由此构造一棵分支长度总和最小的树。 邻位归并法构建的进化树相对准确，计算快捷。??缺点是序列上的所有位点都被同等对待，而且，所分析的序列的进化距离不能太大。 ;不计算序列间的距离，而是将序列中有差异的位点作为单独的特征，并根据这些特征来建树。;选取一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构的似然率都为最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓扑结构作为最优树。 最大似然法的建树过程是个很费时的过程，因为在分析过程中有很大的计算量，每个步骤都要考虑内部节点的所有可能性。 ;系统发生树构建方法的选择;用截然不同的距离矩阵法与简约法分析一个数据集，如果能够产生相似的系统发生树，这样的树可以认为是可靠的 用Bootstrap（自展法）检验;从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列。 重复上面的过程，得到多组新的序列。 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异