结构基序预测蛋白质功能.pptVIP

基础知识汇报 在类的合并上，主要有三种算法来确定类间的距离：单一连锁(single-linkage)、完全连锁(complete-linkage)和平均连锁(average-linkage)。这三种算法在定义类间的距离时分别取两类间的最小距离、最大距离和平均距离。前两种算法对边缘值太过敏感，对于未知的元素分布，一般采用平均连锁算法。 完全连锁(complete linkage)，又称最远邻(furthest neightbour)方法。同样从相似度矩阵或距离矩阵出发，但定义距离为两类之间数据的最大距离。同样不考虑到类的结构。倾向于找到一些紧凑的分类。 以最小近邻法聚类为例 最短距离聚类法具有空间压缩性，而最远距离聚类 法具有空间扩张性。最短距离为 dAB=da1b1，最远 距离为 dAB=dap2。  Composite Structural Motifs of Binding Sites for Delineating Biological Functions of Proteins 汇报人：刘言 简介 在原子水平上，我们都是通过蛋白质之间或蛋白 质与其他分子之间相互作用来理解生物学过程的。 大部分蛋白质会同步或不同步的与很多分子相互 作用。 单原子离子，小分子到蛋白质、核酸和其他大分子