PCR引物设计及软件使用技巧.pdf

生 物 信 息 学 　China Journal of Bioinformatics 　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　 研究论文 PCR 引物设计及软件使用技巧 张新宇 ,高燕宁 ( 中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所 ,北京 100021) 摘要 :介绍了使用软件设计 PCR 引物的技巧 。在 PCR 引物设计原则的基础上 ,详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用 方法 ,并对其各自的优缺点进行了比较 。一般性引物自动搜索可采用“Premier Primer 5 ”软件 ,而引物的评价分析则可采用“Oli go6 ”软件 。 关键词 :PCR ; 引物设计 ;软件 ( ) 中图分类号 :Q524 　　文献标识码 :B 　　文章编号 :1672 - 5565 2004 - 04 - 0015 - 04 To design PCR primers with Oligo 6 and Primer Premier 5 ZHAN G Xin - yu , GAO Yan - ning ( Cancer Institute , Chinese Academy of Medical Sciences , B eij ing , 100021 , China) Abstract :The skill of PCR primer design with software is introduced in this paper . Based on the principle of PCR - primer design ,the usage of two kinds of popular primer - design software was reviewed detailedly ,including their merit , demerit and usage skills. It is recommended to use Premier Primer 5 for the usual automatic primers search ,but Oligo 6 primers analysis. Key words :PCR primer ;design ;usage skill ;software 　　自从 1985 年 KarnyMullis 发明了聚合酶链式反应 具体实现这 3 条基本原则需要考虑到诸多因 ( ) ( ) ( PCR 以来 ,PCR 技术已成为分子生物学研究中使用 素 ,如 引物长度 primer length , 产物长度 product [ 1] ) ( ) 最多、最广泛的手段之一 ,而引物设计是 PCR 技术 length ,序列 Tm 值 melting temperature , 引物与模板 ( Δ 中至关重要的一环 。使用不合适的 PCR 引物容易导 形成双链的内部稳定性 intern