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NCBI 数据库;NCBI分子生物学数据库 /; NCBI首先创建GenBank数据库,在重点开发GenBank的同时,又于1991年开发了Entrez 数据库检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息,并通过相关链接,将他们有机地结合在一起。;;以IL6基因为例:; Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具,通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。;利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter;如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列;蛋白序列:;已知一基因序列:CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
;BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种比较方法可选择:
Blastp:一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较
Blastn:一个核酸序列与一个核酸数据库比较。
Blastx:一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较,可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。
Tblastn:一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据库比较。
Tblastx:一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种读框比较,但由于计算太复杂在网页中不能应用。;Gene info:17号染色体;功能注释:Gene Ontology;获取蛋白质的序列信息;获取FASTA序列;Find domain;填入蛋白质的FASTA序列并提交;BIR domain;三级结构显示;Thanks
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