模式微生物基因组学.pptVIP

线虫和酵母蛋白质的比较分析揭示了一些范例，如创造新的结构域、可利用具有特殊信号传导功能的蛋白，对其进行结构域重排（domain shuffling）并对这些变化进行复制。 此外，多细胞生命的复杂程度与相对少但很重要的一组调控和信号转导结构域有关，这些结构域只能在C.elegans中找到，在S.cerevisiae中则没有被发现。 果蝇、线虫和酵母的比较基因组学 有研究报道从细胞、发育和进化过程的角度比较了D. melanogaster、C.elegans和S.cerevisiae基因组中编码的蛋白。运用计算机信息学方法确定了果蝇、线虫和酵母的核心蛋白质组，核心蛋白质组是一个生物中众多的不同类型的蛋白质家族。 复杂的线虫D. melanogaster的核心蛋白质组（8065种蛋白）只是简单的单细胞真核生物酵母（4383种蛋白）的核心蛋白质组的2倍。另外，果蝇和线虫在发育和形态上的巨大差异并非因为它们核心蛋白质组的大小的不同（分别为8065和9453种蛋白）。事实上，这是在基因组比较研究中出现的一个主要的问题，不同的线虫的复杂程度并不是通过拥有成比例的更多的基因或者分子成分来达到的。 研究发现果蝇、线虫和酵母共同拥有一组蛋白，这组蛋白很可能在所有的真核细胞中行使基础功能。将近20%的D. melanogaster蛋白，在C.elegans和S.cerevisiae中都有一个推定的同源物。 另外，744个蛋白家族或结构域是3种生物共同拥有的。果蝇和线虫中的多结构域蛋白被认为比起酵母的相应蛋白复杂得多。 C.elegans和S.cerevisiae含有相似数目的可识别的多结构域蛋白（分别是2130和2261），而相比之下酵母拥有很少的多结构域蛋白（672）。这个差异很大一部分因为参与信号传导途径（即，细胞-细胞和细胞-基质的相互作用）的细胞外结构域的存在，而这是多细胞生物的特点。 基因组比较研究发现了一类类胰岛素（S1）肽酶在果蝇中很多（199个S1肽酶），而在线虫和酵母中分别只有7个和1个。在人类中，胰岛素相关的肽酶有多种功能，如多个信号转导途径和消化作用，在果蝇中它们的功能可能是相似的。 人们推测，计算机比较基因组分析将在多个重要方向上改进我们对多细胞生命分子基础的理解。这些计算机研究也可以为我们设计生化和遗传实验奠定基础，来验证在基因组水平上观察到的差异所具有的生物意义。 谢 谢 * 许多好氧和厌氧诱导基因的生理作用还不是很清楚，需要进一步的研究来确定功能。比较基于微阵列的野生型的S. cerevisiae在不同生长条件下的转录图谱，人们仍没有精确描述指示代谢重规划的转录调控的分子机制。需要运用影响关键转录调节因子活动的遗传突变，连同其他功能基因组的工具，来解析控制细胞生长的调控途径和网络。 基因调控中的核小体重组复合体 基因表达的调控对生物系统的功能是基础的，细胞的很多调控活动发生在转录水平。越来越明显的是，紧缩的染色质结构的修饰是真核生物重要的调控机制，包括酵母。染色质中重复的结构单位是核小体，特征是200bp的DNA负超螺旋链缠绕到组蛋白核心上（正电荷的，富含精氨酸，组氨酸的小蛋白复合体）。 在这部分链上的基因被有效的包在核小体上。体内和体外的研究已经说明核小体抑制转录起始是通过防止真核RNA聚合酶Ⅱ核心酶与转录因子与DNA的接触。 越来越多的证据表明一些类型的多聚蛋白复合体，如保守的Swi/Snf和RSC复合体，通过以一种ATP依赖性的方式改变染色质的拓扑结构，来消除核小体介导的转录抑制。 染色质结构因子改变核小体的行为是通过改变核小体结构，从而使转录因子结合在它们特异识别的DNA序列上，帮助起始转录。关于改变染色体结构的复合体Swi/Snf的功能的一些基本方面还未解决，但可以平行测量整个基因组在mRNA水平上表达的高密度方法技术的发展，并为我们提供了阐明Swi/Snf功能的机会。 4.3 酵母蛋白质组学 基因组测序发现的还未确定特征的基因可以通过评估生化活性、蛋白-蛋白相互作用和基因表达产物的亚细胞定位分析进行研究。系统的蛋白质组学对于阐明决定细胞功能的蛋白质网络及其相互作用是必需的，在一定意义上，使基因组信息转化为生命。 酵母蛋白的亚细胞定位 双向凝胶电泳和MS等技术已经被应用于确定S. cerevisiae蛋白质组中蛋白的亚细胞分布。一个蛋白的亚细胞定位被认为可以暗示它在细胞中的基本的分子功能，提示它的功能机制。但是，酵母中蛋白的亚细胞分布是很基础的数据，直到现在实际上还仍未解决。 2002年，Micheal Snyder和合作者第一次在蛋白质水平上分析了一种真核生物的蛋白定位。通过高通量的对抗原决定簇所标记的基因产物来进行免疫定位后，2744个酵母蛋白（S. cerevisiae理论上的蛋白质组的