同源建模详细讲解整理版.pptVIP

修正前 修正后 模型质量再检测 用SAVES服务器对于经过处理的蛋白结构进行评价 优化前 优化后 77.419 68.280 优化前 优化后 后续优化 结构方面：利用MD对整个结构进行进一步的松弛，以去除不合适的clash。 能量方面：利用Gromacs对蛋白结构进行能量最小化。 * * Alignment mode Alignment mode: 比对模式 提交目标蛋白与模板蛋白的序列比对结果(FASTA,MSF,ClustalW等格式) 适用：1、较高的相似性 2、利用Auto模式未必能找到最合适模板的情况 3、使用者有目的的使用特定的模板蛋白 (比如具有更为相似的活性位点结果，而不是更为相似的整体结构) 邮箱 模型命名 比对后的序列 比对文件 Project mode Project mode:项目模式 难以直接通过序列比对获得模板 需要人工插入调节(借助蛋白结构编辑软件deepview) 可以将前两种模式模建出的蛋白进行人为调整 适用：相似性不高 I-TASSAR I-TASSAR: /I-TASSER/ *也可以下载本地安装包 评价：根据结果质量检验，该服务器应该是自动建模的软件里是结果最详细的，二级结构、top10模型、配体结合位点等等。 缺点：计算结果时间