DNA甲基化和临床应用课件.pptVIP

DNA甲基化和临床应用;目录;为什么熊猫是黑白的？; 同卵双生的孪生子具有完全相同的基因组。但他们长大成人后在性格、健康方面往往存在很大差异。;先从表观遗传学谈起;现代表观遗传学;不同层次表达调控;DNA甲基转移酶： DNMT 胞嘧啶： Cytosine 5’-甲基胞嘧啶： 5-Methylctosine S-腺苷-甲硫氨酸： SAM S-腺苷- 高半胱氨酸：SAH;DNA甲基转移酶(DNMT);通常启动子和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，成为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。 结构基因组中70%～ 90% 的独立CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地聚集形成CpG 岛 约有60％以上基因的启动子含有CpG岛。 — 是结构基因启动子的核心序列和转录起始点。;目录;DNA甲基化的生物学作用; DNA甲基化作为一种可遗传的表观遗传修饰，在体细胞增殖过程中通过依赖于DNA复制的DNA甲基转移酶Dnmt1稳定地传递给子细胞。但在胚胎发育的不同时期，基因组范围内的DNA甲基化水平会发生剧烈的改变，改变最剧烈的阶段为配子形成期与早期胚胎发育阶段，甲基化模式在配子形成时已经建立。;DNA甲基化在动物胚胎和生殖细胞发育过程中的重编程;CPG island的功能：通过甲基化与去甲基化，调控下游基因的表达 —— 基因表达的调控开关;影响基因表达; IAP: intracisternal A particle 去甲基化：灰鼠基因（agouti）仅微量表达 甲基化：基因超量表达;X染色体的失活;基因组印记？;差异甲基化区域 ;碱基C T突变; 肿瘤细胞发生时常出现DNA甲基化模式的变化，主要包括甲基化转移酶表达水平的提高、基因组整体甲基化水平的降低和CpG岛局部甲基化水平的异常升高，从而导致基因组不稳定，如染色质构象异常、转座子激活、原癌基因激活表达以及抑癌基因被抑制表达等。;目录;A．基因组甲基化水平(Methylation Content)的分析 高效液相色谱 高效毛细管电泳法 B．候选基因(Candidate Gene)甲基化分析 甲基化敏感性限制性内切酶-PCR/Southern法 重亚硫酸盐测序法 甲基化特异性的PCR 甲基化荧光法(MethyLight) 焦磷酸测序 结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法;C. 基因组范围的DNA甲基化模式与甲基化??分析 限制性标记基因组扫描 甲基化间区位点扩增 甲基化CpG岛扩增 差异甲基化杂交 由连接子介导PCR出的HpaII小片断富集分析 甲基化DNA免疫沉淀法 ;高效液相色谱法;直接测序法;焦磷酸测序法;全基因组甲基化图谱;芯片平台;目录;正常生物DNA甲基化;肿瘤组织的DNA甲基化;;应用前景1--肿瘤的早期诊断;表观遗传学生物标记开发; 燃石医学自主研发了无创甲基化检测系统(MERMAID?)，运用多层级甲基化探针设计策略，可实现在检测成本可控的情况下同时检测超过10万个临床诊断相关的甲基化CpG位点，并通过机器学习算法建立分类模型，实现对检测样本自动分型。 cfDNA无创甲基化检测系统(MERMAID?) 用于肺部占位病变（含肺癌）的早筛可实现99.6%的敏感性和100%的特异性，用于肺部结节良恶性判定可实84.8%的敏感性和87.5%的特异性。;应用前景2--肿瘤复发的独立预测因子;应用前景3--肿瘤的去甲基化治疗;优点：新型抗肿瘤药物 缺点： 无基因特异性,不能选择性地活化沉默的目的基因，从而会引起整体的低甲基化; 药物的活化作用可逆，疗效依赖于药物的持续存在; 大剂量应用时会对正常细胞有毒副作用; MGMT基因在许多肿瘤中被认为是抗肿瘤药物治疗的预测标记。MGMT启动子肿瘤特异性甲基化，可以抑制MGMT蛋白的活性，从而使得肿瘤细胞对烷化类的抗肿瘤药物敏感，因而被广泛用于肿瘤化疗治疗。 ;Thank You!