生物化学--第二章-蛋白质(下).pptVIP

三　蛋白质的空间结构 构型：指一个分子中各原子在空间的相对分布或排列，构型的改变涉及到共价键的断裂和重新形成。 构象：分子中由于单键的旋转产生的不同的空间结构形式。构象改变时，不需要共价键的断裂和重新生成。 二级结构：蛋白质多肽链主链上原子的局部空间结构，即多肽链中有规则的重复构象。并不涉及氨基酸残基侧链的构象。主要有α-螺旋、β折叠、β-转角、无规卷曲。 α-螺旋 α-螺旋：是多肽链主链围绕螺旋中心轴而成的螺旋式构象。 α-螺旋的特点： 大都为右手螺旋，每3.6个AA残基旋转一周，沿纵轴的间距为0.54nm； 螺旋的稳定性靠链内氢键维持，每隔3个AA残基可形成一个氢键。 在α-螺旋中，AA残基的R侧链分布在螺旋的外侧，其形状、大小及电荷等均影响螺旋的形成和稳定性。 β-折叠 2.球状蛋白质三级结构的特点 同时含有几种类型二级结构元件 具有明显的折叠层次 整个分子紧密结实，分子表面有一个空穴或裂沟 几乎所有的亲水侧链都分布在分子的表面上，大部分的疏水性基团都埋在分子内部。 成人血红蛋白组成： HbA： α2β2 98% ， HbA2： α2δ2 2% 新生儿和3个月以上胎儿：HbF α2γ2 早期胚胎： α2ε2 ▲接近于球体，4个亚基分别在四面体的四个角上，每个亚基上有一个血红素辅基。 ▲α、β链的三级结构与肌红蛋白的很相似。 肌红蛋白解离平衡常数： 3.变构效应 血红蛋白上有CO2和BPG结合部位，因此，血红蛋白还能运输CO2 。 波耳效应：CO2浓度的增加以及相应的pH降低使得血红蛋白氧分数饱和度曲线向右移动。 四　维持蛋白质构象的作用力 氢键（二级结构） 疏水基相互作用 疏水作用对维持蛋白质的三、四级结构起主要作用 范德华力 离子键（盐键） 二硫键 配位键 氢键：多发生于多肽链中负电性很强的N原子或O原子的孤对电子与N－H或O-H的H原子间的相互吸引力。对维持蛋白质分子的二级结构起主要作用，三、四级结构起一定作用。 疏水相互作用：又称疏水键，指疏水基团或侧链为避开水分子而相互靠近聚集形成的力，对维持蛋白质分子的三、四级结构起主要作用。 范德华力：实质是静电引力，产生于极性基团之间和极性基团与非极性基团之间。 一、蛋白质的一级结构与功能的关系 1. 蛋白质的激活 二、蛋白质的空间结构与功能的关系 （5）加热变性 （6）等电点沉淀法 电泳迁移率与多肽链的分子量的关系： SDS和巯基乙醇 3.二硫键的断裂 几条多肽链通过二硫键交联在一起。可在可用8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍存在下，用过量的?-巯基乙醇处理，使二硫键还原为巯基，然后用烷基化试剂保护生成的巯基，以防止它重新被氧化。二硫苏糖醇 过甲酸氧化法拆分多肽链间的二硫键 4.测定每条多肽链的氨基酸组成，并计算出氨基酸成分的分子比。 C-端氨基酸： 羧肽酶法：肽链外切酶，它能从多肽链的C-端逐个的水解。 肼解法：多肽与肼在无水条件下加热，C-端氨基酸即从肽链上解离出来，其余的氨基酸则变成肼化物。肼化物能够与苯甲醛缩合成不溶于水的物质而与C-端氨基酸分离。 6.多肽链断裂成多个小片段。 可采用两种或多种不同的断裂方法将多肽样品断裂成两套或多套肽段或肽碎片，并将其分离、纯化。 （1）酶解法: 胰蛋白酶，糜蛋白酶，胃蛋白酶，葡萄球菌蛋白酶，羧肽酶和氨肽酶 Trypsin：R1为赖氨酸Lys和精氨酸Arg侧链（专一性较强，水解速度快）。 或胰凝乳蛋白酶（Chymotrypsin）R1为苯丙氨酸Phe,色氨酸Trp,酪氨酸Tyr侧链。 Pepsin：R2为苯丙氨酸Phe,色氨酸Trp,酪氨酸Tyr和亮氨酸Leu以及其它疏水性氨基酸侧链水解速度较快。 2、蛋白质分离常用的层析方法 离子交换层析：利用各种蛋白质的电荷量及性质不同进行分离。 凝胶过滤(gel filtration)又称分子筛层析或排阻层析，利用各蛋白质相对分子质量大小进行分离。 将含有天冬氨酸(pI=2.98)、甘氨酸(pI=5.97)、苏氨酸(pI=6.53)、亮氨酸(pI=5.98)和赖氨酸(pI=9.74)的pH3.0柠檬酸缓冲液，加到预先同样缓冲液平衡过的强阳离子交换树脂中，随后用该缓冲液洗脱此柱，并分别收集洗出液，这5种氨基酸将按什么次序洗脱下来？[Asp, Thr, Gly, Leu, Lys] 交联葡聚糖 聚丙烯酰胺 琼脂糖 1.将称为配体的分子共价结合在层析柱的固体材料上，当含有待纯化的蛋白质溶液通过层析柱时，该蛋白质即与配体发生特异性结合而被吸附在层析柱上，而其它蛋白质则流出柱外。 2.被特异性结合在层析柱上的蛋白质，