化学信息学——第八讲hyperchem 软件学习.pptxVIP

第八讲 HyperChem 程序使用方法 2 HyperChem程序简介 •Hyperchem是优秀的分子模拟与教学软 件，灵活易操作，质量高，可进行量子化 学计算，分子力学及分子动力学模拟。 Hyperchem有方便的的模拟工具，美观的 图形界面，可使用量子化学的半经验方法 (AM1、PM3等)，从头算方法(UHF，RHF 和CI等)，密度泛函方法(7.0版后增加)进 行计算。可进行单点能，几何优化，分子 轨道分析，蒙特卡罗和分子力学计算，预 测可见-紫外光谱。 3 HyperChem程序简介 •程序具体功能 1. 输入结构、读取数据文件和直接操作 分子。以球、棍及其混合模式等不同方式 显示分子。 2. 用量子化学或经典势能曲面方法，进 行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可 以进行的计算类型有：单点能，几何优 化，计算振动频率得到简正模式，过渡态 寻找，分子动力学模拟，Langevin动力学 模拟，Monte Carlo模拟。 4 HyperChem程序简介 3.支持的计算方法有：从头计算，半经验 方法，分子力学，混合计算等。 4. 可以用来研究的分子特性有：同位素 的相对稳定性，生成热，活化能，原子电 荷，HOMO-LUMO能隙，电离势，电子 亲和力，偶极矩，电子能级，MP2电子相 关能，CI激发态能量，过渡态结构和能 量，非键相互作用能，UV-VIS吸收谱， IR吸收谱，同位素对振动的影响，对结构 特性的碰撞影响，团簇的稳定性。 5. 支持用户定制的外部程序。 5 HyperChem程序简介 6. 其它模块：RAYTRACE模块，RMS Fit，SEQUENCE编辑器，晶体构造器糖 类构造器，构像搜寻，QSAR特性，脚本 编辑器。 7. 新的力场方法：Amber 2，Amber 3， 用于糖类的Amber，Amber 94，Amber 96。 8. ESR谱。 9. 电极化率。 10. 二维和三维势能图。 6 HyperChem程序简介 11. 蛋白质设计。 12. 电场。 13. 梯度的图形显示。 14. 新增功能：密度泛函理论(DFT)计 算，NMR模拟，数据库，Charmm蛋白质 模拟，半经验方法TNDO，磁场中分子计 算，激发态几何优化，MP2相关结构优 化，新的芳香环图，交互式参数控制，增 强的聚合物构造功能，新增基组。 7 HyperChem程序简介 7.5版新增功能 OpenGL绘图： 基础演示模式:已全部转换为全新的 OpenGL模式，使分子演示图形具有更高 质量支持自定义色彩，1600万种颜色代替 了传统的8种标准色。 混合演示：棒型，球型或组合型等分子 演示手段可以用于该分子的任意原子及链 段的演示，及全新的适用于原子的管型 演示。增强的蛋白质模型构建功能，支持 多种蛋白质二级结构演示，大分子的电子 密度近似方法。 8 HyperChem程序简介 •HyperChem 程序有不同的版本，是适合 于微机环境运行的教学程序。通过网络可 以免费下载HyperChem程序包的演示版 本，现在该公司提供的最新版本为V8.0。 •该公司的网址为： 9 HyperChem程序的运行环境 •1、软件环境 •Windows95、Windows98或Windows2000 系统。 •2、硬件环境 •486以上的微机，内存应在8M以上，硬盘 至少有32M以上自由空间。 •为了能够以最佳方式显示分子图像，最好 有VGA以上显示器。 10 HyperChem程序文件 11 注册激活，点击 Try进入工作区窗口 12 HyperChem程序启动 13 窗口各部分功能简介 •标题名称：最大、最小化、退出按钮 •菜单 条： •FILE、EDIT、BUILD、SELECT、 DISPLAY、DATABASE、 •SETUP 、COMPUTE、CANCEL、 SCRIPT、HELP 14 工具 条 •使用图标工具可以简化操作 •从左至右分别是绘制、选择、旋转、平面 转动、平移 15 工作状态 •工作 区： •状态 行： 16 2、打开已存在的数据文件 •File-Open 17 浏览文件夹 18 C60分子 19 选择分子图形的显示方式 •Display- Labels可以选择原子、化学键等 标记方式： 20 显示模式 •Dispay-Rendering 21 球堆积模式 22 球棍模式 23 设置特定元素 24 显示指定元素的基本性质 25 选择绘图工具绘制键结构 •得到碳碳骨架。左键、右键增减键序 26 添加模型氢原子 27 把2D框架转换为3D图像 28 设定初始数据 •用Build— Set设定键长、键角、形式电荷 等分子构型数据 29 保存为数据文件 •缺省扩展名为hin 30 设置二面角 •扭转 31 修改原子