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NAMD,VMD常用技巧 橡树岭国家实验室 纳米相材料科学中心 纳米材料理论研究所 NAMD的常用技巧 固定分子（原子） 模拟控制文件的修改：固定分子 固定分子文件举例 固定分子 机械力 模拟控制文件的修改：机械力 固定分子文件举例 机械力 电场力 模拟控制文件的修改：电场力 模拟过程中改变电场 动态限制文件举例：转动 模拟控制文件的修改：转动 模拟控制文件的修改：转动 转动举例：参考文件，k参数文件 SMD：质心限制条件 模拟控制文件的修改：SMD SMD举例：参考文件 固定分子，电场举例 机械力举例 转动举例 SMD举例 VMD的行命令 VMD的行命令举例 VMD的程序命令 VMD的程序命令举例 更多内容…… Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. Because such simulation is …. * 对部分分子或者原子添加约束条件 固定某个分子 外力 机械力 电场力 转动 SMD（对质心的约束条件） 对部分分子固定 仍然计算来自这些固定原子对其他非固定原子的作用力 但是不计算对这些固定原子所受的力 固定原子的位置保持在起始位置 固定分子（原子） fixedAtoms on #启动固定分子格式fixedAtomsFile fixedatom.pdb #指定固定分子文件 需要编辑固定分子文件 …… TERATOM 104552 O WAT 33266 -46.955 -19.139 -66.288 1.00 0.00ATOM 104553 H1 WAT 33266 -46.028 -19.374 -66.244 1.00 0.00ATOM 104554 H2 WAT 33266 -46.970 -18.312 -66.769 1.00 0.00TERATOM 104555 O WAT 33267 -40.387 -19.912 -66.464 0.00 0.00ATOM 104556 H1 WAT 33267 -39.595 -20.407 -66.671 0.00 0.00ATOM 104557 H2 WAT 33267 -40.094 -19.233 -65.856 0.00 0.00…… PDB 文件 原子 编号 原子 名称 分子 名称 分子 编号 原子坐标，单位A O位 C位 固定水分子33266 注意事项：规定固定分子的pdb文件必须和所模拟体系的坐标文件一致，即各原子排列顺序要一致 对部分分子或者原子施加一个恒定的外力 NAMD的单位：kcal/mol/A?1单位外力=69.77pN 对某个分子（原子）施加机械力 constantforce on #启动恒定外力consforcefile ssC8force.pdb #指定文件 需要编辑外力指定文件 …… TERATOM 104552 O WAT 33266 0.000 1.433 0.000 1.00 0.00ATOM 104553 H1 WAT 33266 2.866 0.000 0.000 0.50 0.00ATOM 104554 H2 WAT 33266 1.433 -1.433 2.866 0.10 0.00TERATOM 104555 O