level3测序技术综述V3.pptx

二代测序基础介绍;Outline;本章节需要掌握一代测序二代测序分别主要有什么厂家产品/仪器；重点掌握一代测序与二代测序分别的特点及优势等。 需要了解illumina测序的主要流程是什么。 对于NGS的DNA及RNA测序，了解二者分别能用来解决什么问题。 简单了解NGS在临床方面应用的举例。 其他知识简单了解。;Outline;测序技术/公司主要类别（重点掌握）;测序的发展简史;一代测序（Sanger法）发展历程;一代测序仪器特点;1977年Frederick Sanger发明了双脱氧终止法测序，并在人类基因组计划中得到了广泛的应用； 在2005年以后Roche、ABI和solexa陆续推出了自己的二代测序仪，NGS开始兴起，直到2010年Hiseq 2000和Life PGM的出现使NGS在科研以及人类健康领域得到了广泛的应用，Hiseq X ten的出现更是使得人全基因组的测序成本降到了1000美元;二代测序发展历程;2005;2005;2005; Hiseq X ten的出现更是使得人全基因组的测序成本降到了1000美元，Ion Proton平台在无创产前领域得到了广泛的应用，并获得cFDA的批准。;摩尔定律和全基因组重测序成本的变化;建立好的测序文库在测序芯片上测序（数千万条序列）： 4种带不同颜色荧光基团的dNTP同时加入到反应中 每条序列每轮反应只允许加入一个碱基 依次扫描，记录荧光颜色，得到此轮碱基序列 重复几十至上百个循环，得到完整序列信息;;Outline;;主要包括6个步骤：1.提取样本基因组DNA; A.将提取好的样本基因组DNA打断成小片段；B.补平双链DNA的缺口，形成平末端；C.在DNA的3’端增加一个A碱基的尾；D. 利用A-T配对，加上接头，包括测序接头及Index等； E.对连接后的产物进行PCR扩增后得到文库;2. 测序簇生成;边合成边测序：利用特殊的碱基，在延伸过程中，每个循环反应只能延伸一个正确互补的碱基，根据四种不同的荧光信号确认碱基种类；然后清洗，加入下一轮4个碱基。经过多个循环后，获得完整读取的核酸序列;4. 数据分析;Outline;二代测序技术主要应用方向（了解即可）;全基因组de novo测序（de novo sequencing）：在不依赖于参考基因组的情况下对某一物种进行基因组测序及拼接，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。（对没有从来测过的基因组，如新物种，测序拼接）;目标明确，只针对寻找不同样本之间的差异表达基因;NGS技术在临床研究的应用（了解即可）;内容提要;内容提要;什么是家系研究？;家系研究举例;家系研究举例-文章思路;内容提要;什么是表达谱研究？;表达谱研究举例;文章思路;表达谱研究基本思路;内容提要;什么是突变谱研究？;突变谱研究举例;文章思路（突变谱方面）;文章部分结果;文章部分结果;Thanks;附：小结测验;测验