遗传-12基因定位人类基因组计划.ppt

P1噬菌体 PAC，噬菌体人工染色体 BAC, 细菌人工染色体 YAC, 酵母人工染色体 着丝粒 端粒 自主复制元件（autonomously replication sequences，ARS） 大片段DNA克隆载体 1、逐个克隆法（clony by clony）： 将YAC、BAC克隆逐一序列分析，然后排列组装。 2、鸟枪法（shotgun approach）： 随机挑取克隆测序，然后通过计算机排序并接， Celera公司首创。 大规模测序的基本策略 ㈢ 确定特定的基因 通过基因的表现型来鉴定基因是最有效的手段之一 这些技术主要包括以下几类： 1 通过DNA全序列分析确定基因 —— 结构、功能 2 定位克隆（positional cloning）：已知位子（染色体缺失、易位、连锁分析）或DNA标记，寻找基因 Obesity基因和Huntington舞蹈症的基因； 3 功能克隆 （functional cloning）：分离与该功能相关的蛋白质氨基酸—mRNA—cDNADNA 镰刀状贫血基因 4 鉴定基因 基因定位的方法 1、体细胞杂交（somatic cell hybridization） 又称细胞融合（cell fusion），是将来源不同的两种体细胞融合成一个新细胞。大多数体细胞杂交是用人的细胞与小鼠、大鼠或仓鼠的体细胞进行杂交。这种新产生的融合细胞称为杂种细胞（hybrid cell）。 杂种细胞有一个重要的特点是在其繁殖传代过程中出现保留啮齿类一方染色体而人类染色体则逐渐丢失，最后只剩一条或几条。 Miller等培育出一种杂种细胞，此类杂种细胞的存活需要胸苷激酶（TK）。后来发现凡含有人第17号染色体的杂种细胞都因有TK活性而存活，反之则死亡。从而推断TK基因定位于第17号染色体上。这是首例用细胞杂交法进行的基因定位。 2、克隆嵌板法（clone panel method ） 应用杂种细胞保留或丢失人类染色体有时有重叠现象而设计的一种简便有用的基因定位方法。 克隆嵌板示意 杂种克隆 保留的人染色体 1 2 3 4 5 6 7 8 A + + + + - - - - B + + - - + + - - C + - + - + - + - 半乳糖激酶（GK）、尿苷-磷酸激酶（UMPK）和氨基己糖苷酶A（HEXA）的基因就是用此法分别定位于人的17号、1号和15号染色体上的。 3、染色体原位杂交 （chromosome in situ hybridization） 是分子杂交技术在基因定位中的应用，也是一种直接进行基因定位的方法。 4、连锁分析 (linkage analysis) 在减数分裂时，一对同源染色体上的两个相邻的基因可发生交换，距离较远，发生交换的机会较多，则出现基因重组；若两者较近，重组机会较少。 一些相互邻近的基因或遗传标记趋向于在一起共同遗传或相互连锁构成单体型(haplotype)。 利用某个拟定位的基因是否与某个遗传标记或单体型存在连锁关系，就能将该基因定位到染色体的一定部位。 在人类基因组中存在大量的微卫星(microsatellite)标记和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记。 有足够数量的家系。 5、染色体缺失 X连锁和常染色体微小缺失综合征 最小重叠区 最小重叠区 最小重叠区 最小重叠区 对多个RB 患者Chr缺失鉴定，最后将RB基因定位于13q14 6、染色体易位 研究者们通过对几个假肥大型肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy, DMD)女性患者的细胞遗传学研究发现每个病例受累的常染色体不同但在X染色体上的断裂点总是p21。 X(p21)与常染色体易位破坏DMD基因而引发DMD女性患者 基因定位的应用 基因定位和基因图对遗传学、医学和人类及生物进化的研究都有十分重要的意义。 可指导遗传病的诊断，亦可以指导致病基因的克隆。 寻找遗传疾病基因的常规流程 应用RFLP进行临床诊断 微卫星DNA标记 简短串联重复(short tandem repeat, STR)。 1-4个碱基的重复,如(A)n,(CA)n,(CAG)n和 (CATG)n。 微卫星DNA数量多且均匀分布在基因组中。据估计，在基因组中平均30—50kb就存在一个微卫星。 微卫星DNA具有丰富的多态性。 PCR方法对个体进行微卫星(CA repeat)多态性分型 PCR或DNA复制过程中的链滑(strand slippage)机制 当比较两个随机个体的7号染色体上的一段DNA序列时， 在2200个核甘酸中出现两个单核甘酸多态性(SNP)位点。