7-核酸蛋白质序列进化分析.pptVIP

MP法决定系统树的拓扑结构 特定结构树的最小替代数目估计 1 2 3 4 5 6 A A A G G T A G G G 1 2 3 4 5 6 A A A G G T A A A T 祖先节点的核苷酸不能完全唯一确定。 计算所有结构树并选取最短树长 对于任一给定的拓扑结构，计算它的树长（即所有位点的最小替代数目之和）L； 选取具有最短树长的拓扑结构为最大简约树。 信息位点、趋同进化 不变位点：在所有分类群中相同核苷酸或氨基酸的位点。 不变位点不提供任何信息。 简约信息位点：位点上至少有两种不同的核苷酸或氨基酸，且每种至少出现两次。 MP法构建系统树的位点： 只利用简约信息位点； 既利用简约信息位点，也利用单一位点。 单一位点：位点上只有一个分类群具有一种不同的核苷酸或氨基酸。 对所有的拓扑结构都只能用相同的替代数目表示。 单一位点也不提供任何MP信息。 MP法决定系统树的分支长度 进化通径：考虑任意两个密码子之间变换的可能路径 分支长度估计 通过考虑每个非不变位点的所有进化通径，并计算每个内部分支或外部分支的平均替代数来估计MP树的分支长度。 （具体算法略） MP法评述 MP法适用的问题 位点不存在回复突变、平行突变； 被分析的序列较长