蛋白及核酸分析工具.docVIP

蛋白及核酸分析工具/tools/ 是一个强大的集成生物信息网站。 (1)此网页的包括了预测拓扑Topology prediction ?NetNES Leucine-rich nuclear export signals (NES) in eukaryotic proteins（真核蛋白的富含亮氨酸的核输出信号） ?PSORT - Prediction of protein subcellular localization （蛋白亚细胞定位） ?SecretomeP ：Non-classical and leaderless secretion of proteins（蛋白的非经典和无导肽分泌） ?TargetP - Prediction of subcellular location （亚细胞定位） ?TatP - Twin-arginine signal peptides （精氨酸信号肽） ?DAS - Prediction of transmembrane regions in prokaryotes using the Dense Alignment Surface method (Stockholm University) （原核生物中跨膜区预测） ?HMMTOP - Prediction of transmembrane helices and topology of proteins (Hungarian Academy of Sciences) （蛋白跨膜螺旋和拓扑结构预测） ?PredictProtein - Prediction of transmembrane helix location and topology (Columbia University) （跨膜螺旋定位和拓扑预测） ?SOSUI - Prediction of transmembrane regions (Nagoya University, Japan) （跨膜区预测） ?TMHMM - Prediction of transmembrane helices in proteins (CBS; Denmark) （跨膜区螺旋预测） ?TMpred - Prediction of transmembrane regions and protein orientation (EMBnet-CH) （跨膜区和蛋白定向预测） ?TopPred - Topology prediction of membrane proteins (France) （膜蛋白的拓扑预测） 最常用的跨膜区预测的两个网站 预测跨膜螺旋结构的 TMHMM - Prediction of transmembrane helices in proteins (CBS; Denmark)网页为 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ 预测跨膜区以及跨膜方向的 TMpred - Prediction of transmembrane regions and protein orientation /software/TMPRED_form.html （2）蛋白质一级结构预测Primary structure analysis ?ProtParam - Physico-chemical parameters of a protein sequence (amino-acid and atomic compositions, isoelectric point, extinction coefficient, etc.) （蛋白序列的化学参数包括氨基酸、原子组成、等电电、消光系数等） ?Compute pI/Mw - Compute the theoretical isoelectric point (pI) and molecular weight (Mw) from a UniProt Knowledgebase entry or for a user sequence （计算理论上的等电点和分子重） ?ScanSite pI/Mw - Compute the theoretical pI and Mw, and multiple phosphorylation states （计算理论上的等电点和分子重和多磷酸化状态） ?MW, pI, Titration curve - Computes pI, composition and allows to see a titration curve （计算理论上的等电点和组成，可以看滴定曲线） ?Scratch Protein Predictor