生物信息学基础教程第4讲：正则表达式教程培训演示课件.ppt

awk自定义变量 定义变量：varname=value 表达式中不带引号的字符串即被视为变量，如果之前未被赋值，默认值为0或“” 用法：awk awk_script awkvar1=value1 awkvar2=value2 .... input_file 优先级：awk_script中的变量定义优先于命令行中的变量定义 如果需要调用shell变量，可以采用awk awk_script awkvar1=shellvar1 awkvar2=shellvar2 .... input_file * awk内置函数 数值函数： int(x), sqrt(x), exp(x), log(x), sin(x), cos(x), atan2(y,x), rand(), srand(x), srand() 字符串函数： index(in, find), length(s), match(s, r), sprintf(), sub(p,r,t), gsub(p,r,t), substr(str, st, len), split(s,a,fs), tolower(str), toupper(str) 系统函数： close(filename), system(command) * awk自定义函数 自定义函数格式： function fun_name(param_list) { function_body } 举例： awk ‘{ print “sum=”, SquareSum($1, $2) } function SquareSum(x,y) { sum=x*x+y*y; return sum }’ grade.txt * awk数组 访问数组元素 for ( element in array_name ) print array_name[element] 举例： awk ‘BEGIN{print split(“123#456#789”, mya, “#”); for ( i in mya ) { print mya[i] }}’ * 避免awk错误的方法 ① 确保整个awk_script用单引号括起来 ② 确保awk_script内所有引号成对出现 ③ 确保用花括号括起动作语句，用圆括号括起条件语句 ④ 可能忘记使用花括号，也许你认为没有必要，但awk不这样认为，将按之解释语法 ⑤ 如果使用字符串，一定要保证字符串被双引号括起来(在模式中除外)  * 2) 在awk中，设置有意义的变量名是一种好习惯，在进行模式匹配或关系操作时更容易理解。一般的变量名设置方式为name=$n 3) 通常在BEGIN部分给一些变量赋值是很有益的，这样可以在awk表达式进行改动时减少很多麻烦 4) awk的基本功能是根据指定规则抽取输入数据的部分内容并输出，另一个重要的功能是对输入数据进行分析运算得到新的数据并输出，这是通过在 awk_script中对字段变量($1、$2、$3...)重新赋值或使用更大的字段变量$n(n大于当前记录的NF)而实现的 5) 使用字符串或正则表达式时，有时需要在输出中加入一新行或查询一元字符。这时就需要字符串屏蔽序列。awk中经常使用的屏蔽序列有: \b 退格键 \t tab键 \f 走纸换页 \ddd 八进制值 \n 新行 \r 回车键 \c 任意其他特殊字符。eg: \\为反斜线符号 * awk的输出函数printf ① 格式: printf (输出模板字符串, 参数列表) ② 参数列表是以逗号分隔的列表，参数可以是变量、数值或字符串。 ③ 输出模板字符串的字符串中必须包含格式控制符，有几个参数就要求有几个格式控制符。模板字符串中可以只有格式控制符而没有其它字符。 ④ 格式控制符: %[-][width][.prec]fmt % : 标识一个格式控制符的开始，不可省略。 - : 表示参数输出时左对齐，可省略。 width : 一个数字，表示参数输出时占用域的宽度，可省略。 .prec : prec是一个数值，表示最大字符串长度或小数点右边的位数，可省略。 fmt : 一个小写字母，表示输出参数的数据类型，不可省略。 ⑤ 常见的fmt : c ASCII字符， d 整数 ，e 科学记数法浮点数， f 浮点数，如 123.44 g 由awk决定使用哪种浮点数转换e或f ，o 八进制数， s 字符串， x 十六进制数 ⑥ 举例: echo 65 | awk { printf (%c\n,$0) } // 将打印 A awk BEGIN{printf %.4f\n,999} //将打印 999.0000 awk BEGIN{printf 2 number:%8.4f%8.2f,999,888}