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通常所说的酶工程是用工程菌生产酶制剂,而没有经过由酶的功能来设计酶的分子结构,然后由酶的分子结构来确定相应基因的碱基序列等步骤。因此,酶工程的重点在于对已存酶的合理充分利用,而蛋白质工程的重点则在于对已存在的蛋白质分子的改造。当然,随着蛋白质工程的发展,其成果也会应用到酶工程中,使酶工程成为蛋白质工程的一部分。 一、??蛋白质的结构 ?? 蛋白质分子的生物功能,与蛋白质分子的结构密不可分。决定蛋白质这种特殊生物功能的关键因素是它的分子构象 。 基本组成单位--氨基酸 组成生物体蛋白质的20种氨基酸 氨基酸 氨基酸 氨基酸 氨基酸 丙氨酸 精氨酸 天冬酰氨 天冬氨酸 半胱氨酸 谷氨酰胺 谷氨酸 甘氨酸 组氨酸 异亮氨酸 亮氨酸 赖氨酸 甲硫氨酸 苯丙氨酸 脯氨酸 丝氨酸 苏氨酸 色氨酸 酪氨酸 缬氨酸 2.组成生物体蛋白质的20种氨基酸2 氨基酸 英文 氨基酸 英文 赖 组 脯 苏 丝 色 天冬精 Lys His Pro Thr Ser Try Asp Arg Lysine Histidine Proline Threonine Serine Tryptophan Aspartic acid Arginine 谷 缬 半胱 丙 亮 酪 甲硫 (蛋) Glu Val Cys Ala Leu Tyr Met Glutamic acid Valine Cysteine Alanine Leucine Tyrosine Methionine 甘 苯丙 Gly Phe Glycine Phenylalanine 谷酰 天冬酰 异亮 Gln Asn Ile Glutamine Asparagine Isoleucine 肽(肽键与肽2) 肽键就是由氨基酸的α-羧基与相邻的氨基酸的α-氨基脱水缩合而形成的化学键 肽(肽键与肽3) 肽:氨基酸通过肽键连结起来的化合物 二肽:两个氨基酸形成的肽 三肽:三个氨基酸形成的肽 多肽:许多氨基酸形成的肽 蛋白质:大多为100个以上氨基酸组成的多肽 氨基酸残基:多肽链中不完全的氨基酸。 氨基酸由于形成肽键而失去了一分子水,因此表现出其分子的不完整。 氨基末端:多肽链中含有自由α-氨基的一端。简称N-端 羧基末端:多肽链中含有自由α-羧基的一端。 简称C-端 蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构是指氨基酸按一定的顺序通过肽键相连而成的多肽链,也是蛋白质最基本的结构。 每一种蛋白质分子都有自己特有的氨基酸的组成和排列顺序即一级结构,由这种氨基酸排列顺序决定它的特定的空间结构,也就是蛋白质的一级结构决定了蛋白质的二级、三级等高级结构 。 蛋白质分子的一级结构 牛胰岛素的一级结构1 (1)氢键:氢原子与负电性强的原子(如氧、氮等)间形成。对蛋白质分子三维构象的维护很重要。 (2)静电引力:正负带电基团之间的吸引力。对蛋白质分子三维构象的稳定贡献不是很大,也称为离子键或盐键 (3)范德华力:原子团相互接近时诱导所致。它变化多样,对维持蛋白质活性中心的构象影响很大 维持蛋白质空间结构的化学键 (4)疏水相互作用:是非极性基团为了避开水相而群集在一起的作用力。疏水作用是维持蛋白质高级结构的重要因素 (5)二硫键:作用很强,对稳定蛋白质构象起重要作用 氢键、离子键、疏水作用和范德华力等次级键是非共价键 肽键、二硫键、酯键等被称之为共价键 蛋白质二级结构 二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性结构的构象,是多肽链局部的空间结构(构象) 主要形式: α-螺旋、β-折叠、 β-转角、无规卷曲等 β-转角 蛋白质分子的二级结构 α螺旋 β折叠片 β转角 自由回转 三级结构 三级结构是指整条多肽链在二级结构的基础上进一步盘曲而成特定格式的三级结构。 四级结构 很多蛋白质分子是由两个或两个以上独立的、具有三级结构的多肽链组成的。 这些多肽链之间只是通过疏水作用等次级键结合成为有序排列的特定的空间结构,形成了四级结构。 在四级结构的蛋白质分子中,每个具有三级结构的多肽链单位称为亚基,亚基多无生物学活性,具有完整四级结构的蛋白质分子才有生物活性。 血红蛋白中四亚基两两相同,分别称为α1 、α2、β1、β2 蛋白质工程主要包括4大类研究: 第一,利用已知的蛋白质一级结构的信息开发应用研究。第二,定量确定蛋白质结构-功能关系。这是目前蛋白质工程研究的主体,它包括蛋白质三维结构模型的建立,酶催化的性质、蛋白质折叠和稳定性研究等. 第三,从混杂变异体库中筛选具有特定结构-功能关系的蛋白质。 第四,根据已知结构-功能关系的蛋白质,用人工方法合成它及其变异体. 第二节 蛋白质工程的基本步骤 与
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