肠道微生物功能宏基因组学与代谢组学关联分析方法研究进展.PDFVIP

微生物学报 A cta Microbiologica Sinica 2019, 59(9): 1813–1822 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Methods to Study Gut Microbes 肠道微生物研究方法 肠道微生物功能宏基因组学与代谢组学关联分析方法研究进展 1 2,3 1,3 2,3* 侯璐文 ，吴长新 ，秦雪梅 ，李建国 1 山西大学中医药现代研究中心，山西 太原 030006 2 山西大学生物医学研究院，山西 太原 030006 3 山西大学化学生物学与分子工程教育部重点实验室，山西 太原 030006 摘要：近年来基于高通量基因测序的微生物组学研究极大加深了人们对微生物与健康和疾病关系的认 识。然而基因测序方法不能直接测定微生物的功能活性，难以鉴定微生物中的关键功能分子，单独使用 无法回答肠道微生物何种成员通过何种方式影响宿主等关键科学问题。单一组学研究弊端尽显，多组学 联用势在必行。肠道微生物代谢组学以微生物群落所有小分子代谢物为研究对象，可发现肠道微生物随 宿主病理生理变化的关键代谢物，为微生物组-宿主互作机制研究提供线索，成为微生物组学研究的重 要补充。肠道微生物功能基因组学与代谢组学关联分析在宿主生理、疾病病理、药物药理等方面取得众 多进展，展现良好应用前景。然而目前肠道微生物功能基因组学与代谢组学关联分析存在方法滥用、相 关性结论与生物学知识相悖等突出问题。为帮助正确应用肠道微生物功能宏基因组学与代谢组学关联分 析，本文综述了各种多组学数据整合分析方法的原理、优缺点与适用范围，并给出了应用建议。 关键词：肠道微生物，功能宏基因组学，代谢组学，多组学关联分析 肠道微生物是一个复杂的生物系统，对人体 变化。因此，基于基因测序的宏基因组学方法具 发挥重要作用，如大分子消化、维生素合成以及 有先天局限性，不能直接测定微生物功能活性， 免疫系统驯化等。高通量测序技术加深了对微生 难以鉴定行使关键功能的微生物分子[6–7] 。 物组结构和功能及其与健康疾病关系的认识[1–3] 。 宏基因组与代谢组等多组学联用可在一定程 宏基因组学研究显示，肥胖小鼠肠道微生物的代谢 度上克服上述单一组学研究的局限性，在肠道微 通路编码基因与健康对照相比发生显著变化[4–5] ， 生物与健康疾病关系研究等方面取得众多进展， 然而宏转录组学、宏蛋白质组学和代谢组学等下 显示良好应用前景。Pederson 等[8]应用肠道宏基因 游组学研究显示，宏基因组学发现的重要编码基 组与血清代谢组关联分析 277 例非糖尿病丹麦人 因或通路的富集不一定促成相应功能分子水平的 样品发现，随胰岛素敏感性降低，肠道微生物中 基金项目：国家自然科学基金 ；国家科技重大专项(2018Z ；山西省软科学研究计划(2018041031-2) *通信作者。Tel/Fax ：+86-351-7018958 ；E-mail ：lijg@ ，jglee@126.com 收稿日期：2018-08-10 ；修回日期：2018-10-25 ；网络出版日期：2018-12-01 1814 Luwen Hou et al. | Acta Microbiologica Sinica , 2019, 59(9) 支链氨基酸生物合成与内向转运通路编码基因富 取的生物学指标投射到已有知识库中，以解释各 集；并且血浆代谢组中支链氨基酸水平升高。作 生物学指标之间的相互联系，所得结论可靠性较 者进一步研究发现Prevotella corpi 和Bacteroides 高，但通常为关联网络，单独使用难以聚焦生物 vulgatus 对支链氨基酸生物合成潜能与胰岛素抵 学指标之间的关键相互联系[15] 。 抗的相关性最大。动物实验证明，前者可增加血 液中支链氨基酸水平，加剧葡萄糖不耐受，导致 2 统计学检验方法 胰岛素抵抗。Liu 等[9]运用血清代谢组学和宏基因 2.1 单变量相关分析方法 组关联研究，发现产谷氨酸盐共生菌 Bacteroides