草鱼三_四核苷酸重复微卫星标记的分离与特征分析_李文升.pdfVIP

中国水产科学 2011 年7 月, 18(4): 742−750 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 DOI: 10.3724/SP.J.1118.2011.00742 草鱼三、四核苷酸重复微卫星标记的分离与特征分析 1,2 2,3 2 2 2 李文升 , 刘翠 , 鲁翠云 , 李超 , 孙效文 1. 上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306; 2. 中国水产科学研究院 黑龙江水产研究所, 农业部北方鱼类生物工程育种重点开放实验室, 黑龙江 哈尔滨 150070; 3. 哈尔滨师范大学, 黑龙江 哈尔滨 150025 摘要: 采用磁珠富集法、通过质粒检测法结合同位素杂交检测获得草鱼(Ctenopharyngodon idellu)三、四核苷酸阳 性克隆1 378个, 测序705 个, 共得到846 个微卫星座位, 其中完美型632 个( 占74.7%), 非完美型114个( 占13.48%), 混合型 100 个( 占11.82%)。根据微卫星侧翼序列设计并合成 100 对微卫星引物, 检测结果显示 35 对(35%)引物在 邗江野生群体中表现出多态性。选择其中20 对多态性稳定的引物进行遗传多样性分析, 结果显示, 20 个位点共检 测到212 个等位基因, 平均观察杂合度(H )为0.681 1, 平均期望杂合度(H )为0.797 5, 平均多态信息含量为0.777 7。结 o e 果表明, 所筛选的微卫星标记能够用于草鱼群体遗传学研究。本研究旨在为草鱼的种群遗传结构分析、遗传图谱 构建等研究奠定基础。 关键词: 草鱼; 微卫星标记; 微卫星文库; 多态性 中图分类号: S96 文献标志码: A 文章编号: 1005−8737−(2011)04−0742−09 微卫星 DNA(Microsatellites DNA)又称短串 是一种重要的经济鱼类。目前国内报道的草鱼微卫 联重复序列(Short Tandem Repeats, STRs)或简单 星多见于重复单位为两碱基的微卫星标记[3, 5] 。本 重复序列(Simple Seqµence Repeats, SSRs), 是广 研究利用磁珠富集法、质粒检测法结合同位素杂 泛分布于真核生物基因组中以 1 ～6 个核苷酸为 交法筛选一批三、四核苷酸重复的微卫星标记, 基本重复单位的串联重复序列。微卫星在基因组 并用野生草鱼群体对其多态性进行了初步的分析, 定位方面具有分布密度高、分布均匀等特点, 它 为草鱼种群遗传结构分析、遗传图谱构建等打下 一出现就被作为良好的作图标记广泛应用[1-2] 。微 基础。 卫星分子标记以其重复性好、共显性、符合孟德 1 材料与方法 尔分离等特点, 迅速应用到群体多样性分析、构 建遗传连锁图谱、亲子鉴定等方面 [3] 。近年来, 微 1.1 实验材料 卫星标记应用趋向于重复单位较长的微卫星位点, 克隆所用的草鱼血液取自黑龙江水产研究所 主要是三碱基和四碱基重复位点, 原因是它们可 松浦试验站, 野生草鱼群体采集于江苏邗江长江 以减少扩增产物中stutter 带的出现, 并且可以方 流域, 共36 尾。实验所用的生物素探针(TGA)8 、 便于实现扩增产物的自动化分析[4] 。 (AGAT)6 以及相应的同位素探针均由上海生工生 草鱼(Ctenopharyngodon idellu)是中国土著鱼 物工程技术服务有限公司合成; 所用的限制性内 类, 自然分布于长江、珠江及