第六章生物信息学与基因芯片.pptVIP

第六章：生物信息学与基因芯片;第一节：概述;根据芯片上固定的探针不同，生物芯片包括：基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片，根据原理还有元件型微阵列芯片、通道型微阵列芯片、生物传感芯片等新型生物芯片。 ;一、基因芯片简介;基因芯片的类型（一）;基因芯片的类型（三）;基因芯片的类型（二）;根据探针的类型和长度，基因芯片可分为两类。 其中一类是较长的DNA探针（?100mer）芯片 这类芯片的探针往往是PCR的产物，通过点样方法将探针固定在芯片上，主要用于基因的表达分析。 另一类是短的寡核苷酸探针芯片 其探针长度为25 mer左右，一般通过在片（原位）合成方法得到，这类芯片既可用于RNA的表达监控，也可以用于核酸序列分析。;基因芯片的相关技术包括：基因芯片的设计，基因芯片的制备、靶基因的制备、杂交和检测、检测结果分析等。;（二）基因芯片制备;一是在片合成法， 在片合成法是基于组合化学的合成原理，它通过一组定位模板来决定基片表面上不同化学单体的偶联位点和次序。在片合成法制备DNA芯片的关键是高空间分辨率的模板定位技术和固相合成化学技术的精巧结合。 关键步骤：首先使支持物羟基化，使其表面衍生出羟基，并与保护基建立共价连接。 ;在片合成法主要优点：可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列，合成的阵列密度高，适合于制作大规模DNA探针阵列芯片，实行高密度芯片的标准化和规模化生产。 缺点：探针长度受限制，去保护不彻底，容易导致信号模糊。 主要应用公司：美国Affymetrix等。 Affymetrix公司制备的基因芯片产品在1.28× 1.28cm表面上可包含30万个20-25mer寡核苷酸探针，每个探针单元的大小为10微米×10微米。 ;点样法的优越性在于可以充分利用原有的合成寡核苷酸的方法和仪器或cDNA探针库，探针的长度可以任意选择，且固定方法也比较成熟，灵活性大适合于研究单位根据需要自行制备科研型基因芯片，制作点阵规模较小的商品基因芯片。;（三）靶基因样品的制备及芯片杂交;另一种方法是点样法。 基因芯片点样法首先按常规方法制备cDNA（或寡核苷酸）探针库，然后通过特殊的针头和微喷头，分别把不同的探针溶液，逐点分配在玻璃、尼龙或者其它固相基底表面上不同位点，并通过物理和化学的结合使探针被固定于芯片的相应位点。 支持物的前处理：为使其带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸。 现已有成型的点样装置出售。 ;常规的分子杂交过程是，将待检测样品固定于滤膜上，与同位素标记的探针在一定杂交液及温度下进行杂交，一般需较长时间才能完成分子杂交过程，且一般每次只能检测为数不多的一个到几个探针。基因芯片将已知序列的DNA探针，固化于玻璃等基片的表面，而将待检测样品进行标记并与微集成阵列进行杂交。这种方式不仅使检测过程平行化，也可以同时检测成百上千个基因序列，而且由于集成的显微化，使得杂交所需的探针及检测样品均大为减少，杂交时间明显缩短，一般的分子杂交过程可在30分钟内完成。;二、基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义;基因芯片应用可分为两大类：一是用于研究基因型，是利用基因芯片进行序列分析，其中包括识别DNA序列的突变和研究DNA的多态性；一是用于监控RNA表达，利用基因芯片研究基因的功能。 随着分子生物学的发展，我们将进一步的了解和认识疾病，基因芯片作为一种大规模并行序列分析技术，将有利于深入了解基因。除此以外，基因芯片最令人振奋的应用是药物基因组学，可以促进新药的发现过程。 ;四、基因芯片的应用;3、感染性疾病的诊断 利用基因芯片对一些感染性的疾病疾病如HIV的诊断现已成为事实。 4、耐药菌株和药敏检测 例：据WHO报告，全球每年约有800万的结核病患者，有300万人死亡，死亡人数超过艾滋病和疟疾的总和。主要原因是菌株对不同的药物产生了抗药性（俄国80%TB对一种药物产生抗性，美国50%为多重耐药）。对每例患者进行菌株和药敏鉴定是控制TB的关键。因此，俄美两国科学家共同开发了此种功能的基因芯片，并且该种芯片可清洗反复使用50次。;（二）药物研究中的应用 1、新药开发 高通量的DNA芯片可发现众多的新基因和新的靶分子用于新药的设计，同时，有时同一种药物的作用是多方面的，基因芯片有助于发现一种药物的新的功能，原先设想的作用是针对某一靶标的，但在全基因或广范围筛选中却发现该药物在另一方面具有很强的抑制作用，从而开发成另一种新药。 2、调查药物处理细胞后基因的表达情况 这类研究既有利于阐明药物的作用机制，也有助于确定药物作用的靶基因，为新药研究提供线索。;3、对药物进行毒性评价 应用芯片查找药物的毒性或副作用，进行毒理学研究，尤其是慢性毒性和副作用，往往涉及基因或基因表达的改变。如果药物能抑制重要基因的表达，则对它的深入研