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实用生物信息技术期末考试（B卷）
中国农业科学院研究生院 2007年1月21日
姓名_________________ 座位号CAAS06F______________
1. 写出实现以下操作的UNIX命令：
在当前目录下创建子目录input
将前目录下的文件hba_mouse.fasta移动到子目录input中
显示当前目录下以“.aln”为文件名结尾的文件
显示当前目录下所有文件详细信息并统计个数
显示子目录ppf1下文件ppf1.fasta内容
显示当前目录下文件hba207.list中最后10行的内容
将当前目录下文件sbp1.fasta设置为只读属性（无法删除）
统计当前目录下文件FASTA格式insulin70.fasta中序列条目数
删除子目录output及该目录下所有子目录和文件
显示以往输入的命令
2. 举例说明你最熟悉、最常用的10个EMBOSS或WebLab程序。
10)
姓名_________________ 座位号CAAS06F______________
比较豆血红蛋白Leghemoglobin-1（P02239）和小鼠血红蛋白alpha亚基(P01942)序列，找出一致序列(Identity)、相似序列（Positive）和插入删除（Gap）百分比。找出两条序列中除N-端和C-端外的插入和缺失片段数。
以豆血红蛋白(P02239)为检测序列进行BLAST搜索，找出SwissProt数据库中六个豌豆血红蛋白，将搜索结果填入下表(可用链接 1169268550-13966-213633393464.BLASTQ1)。
Name
Accession
Length
Score
E-Value
Identity(%)
Positive(%)
Gap(%)
LGB1_LUPLU
P02239
153
283
2e-76
100
100
0
LGB1_PEA
P02233
LGB2_PEA
O48668
LGB3_PEA
O80405
LGB4_PEA
Q9SAZ1
LGB5_PEA
O48665
LGB6_PEA
Q9SAZ0
分别用Phylip软件包中邻接法（Neighbor-joining）和 最大简约法（Maximum-parsimony）对上表中7个豆血红蛋白序列构建系统发育树，画出两种树的拓扑结构。
分析人癌胚抗原粘连蛋白CEACAM1N-端结构域A链(PDB code: 2GK2, A chain)空间构像特征。该蛋白质分子含多少个beta折叠？找出其中最短和最长的两个beta-折叠，注明其起始残基名称及编号。该蛋白质分子有几个色氨酸？其侧链指向分子内部还是分子表面？该蛋白质分子有几个赖氨酸？其侧链指向分子内部还是分子表面？该蛋白质分子中Val21和Leu88残基alpha碳原子间的距离为多少埃？
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