单标记分析法课件.pptVIP

第8讲 植物QTL作图的基本原理（1） 一、单标记分析Single marker analysis 二、区间作图Interval mapping 三、复合区间作图Composite interval mapping 四、基于混合线性模型的复合区间作图 Composite interval mapping based on mixed model * 经典的数量遗传分析方法只能分析控制数量性状表现的众多基因的总和遗传效应，无法鉴别基因的数目、单个基因在基因组的位置和遗传效应 随着现代分子生物学的发展和分子标记技术的成熟，已经可以构建各种作物的分子标记连锁图谱 基于作物的分子标记连锁图谱，采用近年来发展的数量性状基因位点（QTL）的定位分析方法，可以估算QTL的数目、位置和遗传效应 * QTL定位的基本原理 比较染色体区段与性状表现型是否呈一致性变化 * MM Mm mm MM Mm mm 性状平均值 分别表示QQ, Qq 和 qq 的频率 无连锁 有连锁 检测各个位点标记基因型间数量性状表型值的差异显著性 * 按分析分子标记方法的不同，可以将QTL定位的方法划分为三大类 一、单标记分析Single marker analysis 二、区间作图Interval mapping 三、复合区间作图Composite interval * 一、单标记QTL作图 QTL连锁作图是建立在不同标记基因型间性状差异基础上的 Sax (1923)最早报道了菜豆粒重QTL连锁作图的结果 紫色、大粒 x 白色、小粒 F1 F2 （PPWW） （ppww) 在F2中发现， 为此认为，控制粒重的基因W-w与控制籽粒颜色的基因P-p是连锁的 这是首次报道用形态标记进行的QTL定位 * 单标记分析法就是通过假设测验、方差分析、回归分析或似然比检验，比较单个标记基因型（MM、Mm和mm）数量性状均值的差异 一、单标记QTL作图 如存在显著差异，则说明控制该数量性状的QTL与标记连锁 * 1. T–测验 假定回交群体中某一标记位点的两个基因型为 两类基因型内个体性状的平均数分别为 则其差异显著性测验可通过 t - 测验： 一、单标记QTL作图 * 标记 MiMi Mimi t p D5 41 54.2 111.8 62 47.3 63.7 3.75 0.0001 H14 42 55.2 104.1 61 46.5 56.1 4.99 0.000001 例如 1. T–测验 一、单标记QTL作图 * F2群体 标记基因型 平均数 样本方差 s22 s12 s02 样本容量 n2 n1 n0 1. T–测验 一、单标记QTL作图 * F2群体 测验加性效应 1. T–测验 一、单标记QTL作图 * 1. T–测验 一、单标记QTL作图 F2群体 测验显性效应 * 标记 MiMi Mimi mimi n2 μ2 s22 n1 μ1 s12 n0 μ0 s02 t 1 t2 D5 43 5.2 2.44 86 4.3 2.93 42 3.1 2.76 6.10 0.38 H14 42 5.0 3.2 92 4.1 3.2 37 3.6 2.68 3.71 -0.05 1. T–测验 一、单标记QTL作图 F2群体 例如 * 1. T–测验 即检测表型值是否随标记基因型的不同而异 统计上，t 测验等同于对简单回归模型的假设测验 一、单标记QTL作图 标记基因型(x) x x … x 性状测量值(y) x x … x * 基因型 频率 （1-r)/2 r/2 r/2 (1-r)/2 效应值 假定一个Q（QTL）与一