基因表达数据批次效应去除方法的研究进展-南京农业大学学报.pdf

－ 　 南京农业大学学报　 ２０１９ꎬ４２(３):３８９ ３９７ ｈｔｔｐ:/ / ｎａｕｘｂ.ｎｊａｕ.ｅｄｕ.ｃｎ 　 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＮａｎｊｉｎｇＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ＤＯＩ:１０.７６８５/ ｊｎａｕ.２０１８１００１６ － 李飒ꎬ赵毅强. 基因表达数据批次效应去除方法的研究进展[Ｊ]. 南京农业大学学报ꎬ２０１９ꎬ４２(３):３８９ ３９７. 基因表达数据批次效应去除方法的研究进展 李飒ꎬ赵毅强∗ (中国农业大学农业生物技术国家重点实验室ꎬ北京 １００１９３) 摘要:在组学和大数据时代ꎬ整合分析材料相同但时间、平台、方法、技术和实验室等不同批次的表达数据集将成为常态ꎮ 但是ꎬ不同批次数据集由于非生物因素影响会产生批次效应ꎬ这种批次效应可能会对试验结果产生严重影响ꎬ甚至导致错 误结论ꎮ 本文介绍了几种去除基因表达数据批次效应的方法ꎬ包括ＣｏｍＢａｔ方法、替代变量分析法、距离加权判别法和基于 比值的方法等ꎮ 通过前人研究和实例分析表明ꎬＣｏｍＢａｔ方法是最好的去除基因表达谱数据集批次效应的方法ꎮ 这些结果 将为多批次表达数据集的整合分析提供参考依据ꎮ 关键词:批次效应ꎻ基因表达谱ꎻ数据合并ꎻ评估方法 － － － － 中图分类号:Ｑ ３３２　 　 　 　 文献标志码:Ａ　 　 　 　 文章编号:１０００ ２０３０(２０１９)０３ ０３８９ ０９ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｏｎ ｂａｔｃｈ ｅｆｆｅｃｔ ｒｅｍｏｖａｌ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ＬＩ ＳａꎬＺＨＡＯ Ｙｉｑｉａｎｇ∗ (Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ ＡｇｒｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｓꎬＣｈｉｎａ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＢｅｉｊｉｎｇ １００１９３ꎬＣｈｉｎａ) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｉｎ ｔｈｅｅｒａｏｆｏｍｉｃｓａｎｄｂｉｇｄａｔａꎬｉｔｂｅｃｏｍｅｓａｒｏｕｔｉｎｅｏｐｅｒａｔｉｏｎｔｏｉｎｔｅｇｒａｔｅａｎｄａｎａｌｙｚｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔｂａｔｃｈｅｓｏｆｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｄａｔａ ｓｅｔｓ ｏｆ ｔｈｅ ｓａｍｅ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｔｉｍｅｓꎬｐｌａｔｆｏｒｍｓꎬｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ａｎｄ ｗｉｔｈ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ. Ｈｏｗｅｖｅｒꎬｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｄａｔａ ｓｅｔｓ ｗｏｕｌｄ ｉｎｔｒｏｄｕｃｅ ｂａｔｃｈ ｅｆｆｅｃｔｓ ｄｕｅ ｔｏ ａｂｉｏｔｉｃ ｆａｃｔｏｒｓ. Ｔｈｅ ｂａｔｃｈ ｅｆｆｅｃｔ ｍａｙ ｈａｖｅ ａ ｓｅｒｉｏｕｓ ｉｍｐａｃｔ ｏｎ ｔｈｅ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ｒｅｓｕｌｔｓ ａｎｄ ｅｖｅｎ ｌｅａｄ ｔｏ ｅｒｒｏｎｅｏｕｓ ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎｓ. Ｔｈｉｓｒｅｖｉｅｗ ｓｕｍｍａｒｉｚｅｄｍａｊｏｒ ｍｅｔｈｏｄｓｆｏｒ ｒｅｍｏｖｉｎｇｔｈｅｂａｔｃｈ ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａꎬｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ＣｏｍＢａｔ ｍｅｔｈｏｄꎬｓｕｒｒｏｇａｔｅ ｖａｒｉａｂｌｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｍｅｔｈｏｄꎬｄｉｓ