小分子化合物3D结构数据库的构建-郑州大学学报医学版.pdf

·４６· 郑州大学学报（医学版）　２０１９年 １月　第５４卷　第 １期 ｄｏｉ：１０．１３７０５／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７１６８２５．２０１８．０５．１１３ 小分子化合物３Ｄ结构数据库的构建 １） １） １） ２） １） １） 于明珠 ，张鹏莉 ，吕思凡 ，杜尚民 ，高艳锋 ，杜江峰 １）郑州大学生命科学学院 郑州 ４５０００１　２）三门峡职业技术学院医护学院 河南三门峡 ４７２１４３ 关键词　指纹图谱；虚拟筛选；先导化合物；３Ｄ结构 中图分类号　Ｒ９１４．２ 摘要　目的：构建小分子化合物３Ｄ结构数据库，为药物设计提供筛选平台。方法：从 ６个常用的小分子化合 物公司的官方平台下载小分子化合物库（ＣｈｅｍＢｒｉｄｇｅ、ＣｈｅｍＤｉｖ、ＩｎｔｅｒＢｉｏＳｃｒｅｅｎ、ＬｉｆｅＣｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｓｐｅｃｓ和 Ｖｉｔａｓｍ），同 时通过整理文献获得毒理库、片段库、上市药物库以及天然产物库，用 ＭＯＥ软件对获得的所有化合物进行 ３Ｄ结构 生成，通过能量最小化确定小分子化合物的最佳３Ｄ结构，并计算指纹图谱及其物理属性。结果与结论：构建了小 分子化合物的３Ｄ结构数据库。对所有小分子化合物属性的分析表明６个商用数据库所包含的小分子化合物绝大 多数具有类药性，但也存在具有毒性的片段；各数据库的物理属性如氢键受体／供体数等分布图不尽相同。该平台 产生的数据可以直接用于基于靶点结构的虚拟筛选和３Ｄ相似性搜索，亦有助于药物设计者选择具有针对性的数 据库进行药物筛选工作。 Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｏｆａ３Ｄｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｐｌａｔｆｏｒｍｏｆｓｍａｌｌｍｏｌｅｃｕｌｅｃｏｍｐｏｕｎｄｓ １） １） １） ２） １） １） ＹＵＭｉｎｇｚｈｕ ，ＺＨＡＮＧＰｅｎｇｌｉ，ＬＹＵＳｉｆａｎ ，ＤＵＳｈａｎｇｍｉｎ ，ＧＡＯＹａｎｆｅｎｇ ，ＤＵＪｉａｎｇｆｅｎｇ １）ＳｃｈｏｏｌｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＺｈｅｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５０００１　２）ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅａｎｄＮｕｒｓ ｉｎｇ，ａｎｄｎｕｒｓｉｎｇ，ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＳａｎｍｅｎｘｉａＰｏｌｙｔｅｃｈｎｉｃ，Ｓａｎｍｅｎｘｉａ，Ｈｅｎａｎ４７２１４３ Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ；ｖｉｒｔｕａｌｓｃｒｅｅｎｉｎｇ；ｌｅａｄｃｏｍｐｏｕｎｄ；３Ｄｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ａｂｓｔｒａｃｔ　Ａｉｍ：Ｔｏｃｏｎｓｔｒｕｃｔａ３Ｄｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｐｌａｔｆｏｒｍｏｆｓｍａｌｌｍｏｌｅｃｕｌｅｃｏｍｐｏｕｎｄｓｆｏｒｄｒｕｇｓｃｒｅｅｎｉｎｇａｎｄｄｉｓｃｏｖｅｒｙ． Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ｓｍａｌｌｍｏｌｅｃｕｌｅｃｏｍｐｏｕｎｄｓｗｅｒｅｄｏｗｎｌｏａｄｅｄｆｒｏｍ６ｃｏｍｍｏｎｃｏｍｍｅｒｃｉａｌｄａｔａｂａｓｅｓｓｕｃｈａｓＣｈｅｍＢｒｉｄｇｅ，Ｃｈｅｍ Ｄｉｖ，ＩｎｔｅｒＢｉｏＳｃｒｅｅｎ，ＬｉｆｅＣｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｓｐｅｃｓ，ａｎｄＶｉｔａｓｍ．Ａｔｔｈｅｓａｍｅｔｉｍｅ，ｗｅｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄａｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙｌｉｂｒａｒｙ，ｔｈｅｆｒａｇｍｅｎｔ ｌｉｂｒａｒｙ，ＦＤＡａｐｐｒｏｖｅｄｄｒｕｇｓｌｉｂｒａｒｙａｎｄｔｈｅｎａｔｕｒａｌｐｒｏｄｕｃｔｌｉｂｒａｒｙｂｙｃｏｌｌｅｃｔｉｎｇｄａｔａｔｈｏｒｏｕｇｈｌｙｆｒｏｍｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｓ．Ａｌｌｏｂ ｔａｉｎｅｄｃｏｍｐｏｕｎｄｓｗｅｒｅｐｒｏｃｅｓｓｅｄａｎｄｏｐｔｉｍｉｚｅｄｂｙＭＯＥｐａｃｋａｇｅ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇｔｈｅｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓｏｆｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔａｎｄｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ａｎｄｔｈｅｂｅｓｔ３Ｄｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．ＲｅｓｕｌｔｓａｎｄＣｏｎｃｌｕｓｉｏｎ：Ａ３Ｄｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｐｌａｔｆｏｒｍｏｆｓｍａｌｌｍｏｌｅｃｕｌｅ ｃｏｍｐｏｕｎｄｓｗａｓｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄａｎｄｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｍａｊｏｒｉｔ