药物分子作用模式实验探素讲义.pdfVIP

实验八 药物分子作用模式实验探素2 一、目的要求2 二、实验原理2 （一）Discovery Studio 基本界面2 1．Discovery Studio Standalone 2 2．Discovery Studio Visualizer Client 3 （二）Discovery Studio 软件基本模块3 1．蛋白质模拟3 2．基于结构的药物发现和设计模块4 3．基于药效团的药物发现和设计模块6 4．基于小分子的药物发现和设计模块7 5．分子力学和分子动力学计算模块8 6．分析模块9 三、实验进度安排 10 1．Libdock 分子对接技术见习10 2．TKI 的分子作用模式探索10 3．实验结果分析与讨论和实验体系修正建议10 四、实验方法 10 （一）准备分子对接体系 11 1.定义蛋白为受体分子11 2.寻找受体中可能的结合部位12 3.从结合位点定义 sphere 球13 4.修改活性部位球半径14 5.打开配体文件14 6.打开流程，修改参数15 （二）执行分子对接计算 16 1.运行分子对接计算，查看结果16 2.浏览对接 poses17 （三）分析对接结果 18 1.打开“Analyze Ligand Poses”流程，修改参数18 2.运行流程和查看结果19 3.产生氢键数热图19 4.产生过近接触数热图20 5.在图形窗口浏览过近接触21 6.生成配体-蛋白相互作用二维平面图22 五、预习内容25 六、思考题26 实验八 药物分子作用模式实验探素 (Molecular model of a drug) Discovery Studio™ (简称DS), 基于Windows/Linux 系统和个人电脑、面向生命 科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物 化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于蛋白质结构功能研究，以 及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、优化和药物设计工具。通过高质量的图 形、多年验证的技术以及集成的环境，DS 将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、 模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。 DS 目前的主要功能模块包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建 模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互 作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、 药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。 DS 可以应用于生命科学以下研究领域：新药发现，生物信息学，结构生物学，酶 学，免疫学，病毒学，遗传与发育生物学，肿瘤研究。 一、目的要求 1．采用Discovery Studio 的模块Libdock，以指定或自选一组配体与一个明确活性位 点的蛋白质进行分子对接