蛋白质二级结构预测精编版.pptVIP

* 第3章 蛋白质序列分析 3.1 蛋白质一级结构分析 3.2 蛋白质结构特性分析 3.3 蛋白质功能特性分析 3.4 蛋白质二级结构预测 3.5 蛋白质三级结构预测 3.4 蛋白质二级结构预测 164 预测目的：看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成α-螺旋和β-折叠？ 现阶段：准确率不高。 3.4.1 SOPMA 网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html 2) Click here. 1) Paste your sequence here. Example 3-23 对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析 MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ Result of SOPMA (1/2) Result of SOPMA (2/2) 3.4.2 PredictProtein (1/6) 166 网址：/ Click here PredictProtein (2/6) swjs@88797059 Shengwu Jishu Then click here PredictProtein (3/6) Click here PredictProtein (4/6) swjs@Then click here PredictProtein (5/6) Click here PredictProtein (6/6) Study 1 Then click here. Paste your sequence here. Example 3-24 165 对下面的序列进行二级结构预测分析。 MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ Wait . . . (about 5 minutes) Click here To receive your email 将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开 预测结果目录 图3.87 对序列进行PROSITE搜索 蛋白激酶C磷酸化位点 S/T-R/K 酪蛋白激酶II磷酸化位点 S/T--D/E 酪氨酸激酶磷酸化位点 十四烷酰化位点 图3.88 SEG搜索的低复杂度序列 是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列 图3.89 ProDom搜索结果 PSI-BLAST搜索结果 图3.90 以MSF格式显示比对 (1/2) 图3.90 以MSF格式显示比对 (2/2) 图3.91 PROF预测结果（普通） AA: 氨基酸 OBS_sec: 二级结构的观测值 PROF_sec: 预测的二级结构 Rel_sec: 预测二级结构的可信度 SUB_sec: 预测的二级结构的集合 H: 螺旋 E: 折叠 L: 随机卷曲 O_3_acc: 相对亲水表面的观测值P_3_acc: 预测的相对亲水表面 (b = 0 ~ 9%, i = 9% ~ 36%, e = 36% ~ 100%) Rel_acc: 预测亲水表面的可信度 SUB_sec: 预测的亲水表面的集合 PROF预测结果（详细） 图3.92 球蛋白预测 Practice 把刚才课堂上讲的内容练习一遍。 Summary SOPMA PredictProtein SOPMA 网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html 2) Click here. 1) Paste your sequence here. PredictProtein 166 网址：/ Click here *