R语言在基因芯片数据处理中的应用.docVIP

R语言安装：官方网站　 / 安装软件。 所需要的软件包： 2.1 affy数据处理相关的程序包 在R中复制source(/biocLite.R) biocLite(affy) 2.2 热度图相关程序包 Gplots（）：install.packages(gplots) 获取基因表达数据 3.1 读取基因芯片数据（cel.files） the.filter - matrix(c(CEL file (*.cel), *.cel, All (*.*), *.*), ncol = 2, byrow = T) cel.files - choose.files(caption = Select CEL files, multi = TRUE, filters = the.filter, index = 1) raw.data - ReadAffy(filenames = cel.files) 3.2 sampleNames(raw.data)ang #先看看原样品名称的规律 3.3 pat - .*MT-([0-9A-Z]+).* #样品名称查找的正则表达式 sampleNames(raw.data) - gsub(pat, \\1, cel.files) #gsub为正则表达式查找函数 (samples - sa