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单晶结构解析技巧
1. 通常,H原子的处理方法作者要给出:
(1)一般通过理论加H,其温度因子为固定值,可通过INS等文件查看
(2) 水分子上H原子可通过Fourier syntheses得到
(3)检查理论加上的H原子是否正确,主要看H原子的方向。若不正确则删去再通过Fourier syntheses合成得到
(4) 检查H原子的键长、键角、温度因子等参数是否正常。通过检查分子间或分子内的H键是否合理最易看出H键的合理性
(5) 技巧:有时通过Fourier syntheses得到的H原子是正确的,可一计算其温度因子等参就变得不正常,则可以固定其参数后再精修(如在INS中的该H原子前用afix 1,其后加afix 0)
(6) 各位来说说方法与心得?
2.
胡老师,下面的问题怎么解决啊?谢谢您。
220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.70 Ratio
222_ALERT_3_B Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 4.97 Ratio
342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C bonds (x 1000) Ang ... 49
B 级提示当然得重视了。建议你先把 H撤消,精修到 C的热椭球不太变形和键长趋正常。
如做不到就要看空间群?衍射点变量比太小?以至追查到原始数据的录取参数和处理等。
这些粗略意见仅供参考,如何?
3.
在XP中画图时,只有一部分,想长出另外的对称部分。我是envi完了,然后sgen长出来的,可是和symm显示的对称信息不一样。比如:我根据envi的结果用sgen O1 4555得到的是O1A而不是O1D,这跟文献中标注的不一样啊,怎么统一呢?很困扰,忘达人指教。
xp里是按顺序编号的,第一个sgen出的的统一为A,依次标号。你如果想一开始就统一D的话,重新name一下
4.
高氯酸根怎么精修呀?我用的SHETXL6.1版的,最好告诉我怎么用其中的XSHELL来做,我觉得他好用!
Method 1?DFIX
Dfix 1.42 0.02 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4
Dfix 1.42 0.02 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4
Method 2?SADI
Sadi 0.01 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4
Sadi 0.01 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4
5. 晶体的无序是怎么造成的呀,是晶体培养的问题吗?
如果无序太多,在解单晶的时候怎么办?我指的是很多的点,没有结构,他们的峰值都大于了0.5
大于0.5没什么的,解完后都在1以下就可以了。特殊的比较大的在重原子附近也没有关系
5.
比较确切的定义是单胞中你测定的或你设想的“化学式”的数目。
在分子晶体中,Z 是分子数,在其它各类晶体中则为化学式个数。
例如有机物一般是分子数目,离子晶体像 NaCL只好说化学式为4。
晶体结构常有无序和缺位等,但给出非化学计量式后Z都是确定的。
Z 的数字决定于你的化学式。三斜晶系的 P-1空间群的 Z多为 2。由于双聚等原因如将双聚体写成你的化学式,那么 Z就变为 1了。但是就拿这个三斜晶系来说,出现 Z为 4或 6的情况也是可能的。这时分子形成双聚或者三聚,而你指定的分子式只是个单体罢了。测定结构初期得到单胞以后,往往希望知道单胞中有几个分子,如你知道了或提出了化学式,从我们介绍的范氏半径或原字体积即可毛估这个为整数的 Z了,不必测密度就知道 Z是很有意义的,因分子式有误 Z将不会合理,你不愿试一试?
6.
其实现在水簇或者各种氢键越来越受到重视。但是给水加氢总是遇到很多麻烦,大家都希望能有一些实际可以用的经验来指导一下大家。您能给我们一些建议吗?有时候键长不合理(但是又没有其他合适的参峰),键角合理,您说这样如何加氢? 我仔细浏览了论坛的一些文章,您能给这些经验做一个评价吗?哪位大侠清楚DFIX和AFIX的用法及格式,请详细指点一下。Thanks a lot还有,差值加氢的时候如果找不到q,可以用cent产生个点,然后命名为氢吗?? 把O原子改成C原子,然后再看Q有没有了;如果没有放大Q值到100,不行放大到500个Q值我想你会加上去的!固定H的温度因子为母原子的1.5倍,然后再把C改成O,计算,大功告成 我非常关心这两条经验。麻烦您!
从这个贴子了解到大家对 H的指定问题非常热中,只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。我曾表白原则上 X光衍射不能准确测定 H的位置,现在我仍旧这样看
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