《系统生物学 第三讲 转录组学》.ppt

第三讲 转录组学;主要内容;;转录（transcription） 生物体以DNA为模板合成RNA的过程 。 ;转录（Transcription）：遗传信息由DNA转换到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步，转录是mRNA以及非编码RNA（tRNA、rRNA等）的合成步骤。 以特定的DNA片段作为模板，以DNA依赖的核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶或RNA合成酶）作为催化剂而合成前mRNA的过程。 mRNA转录时，DNA分子双链打开，在RNA聚合酶的作用下，游离的4种核糖核苷酸按照碱基互补配对原则结合到DNA单链上，并在RNA聚合酶的作用下形成单链mRNA分子。 转录本：transcript。也称为剪切体。一条基因通过不同剪接可构成不同的转录本。 ;参与转录的物质;一、RNA的种类和作用;RNA的常见种类;RNA的其他种类;核糖体RNA（rRNA）;转运RNA（tRNA）;信使RNA（mRNA）;不均一核RNA（hnRNA）;小核RNA（snRNA）;核仁小RNA（snoRNA）;小胞质RNA（scRNA/7s-RNA);小RNA分子;microRNA;;转移-信使RNA（tmRNA）;端粒酶RNA;反义RNA(antisenseRNA）;RNA分析方法;mRNA检测技术 核酸杂交技术 原位杂交 逆转录PCR (Reverse transcription PCR，RT-PCR) RACE;;放射性同位素标记物 α-32P-dCTP 灵敏度达0.01pg 非放射性标记物 地高辛 灵敏度达0.1pg DIG-dUTP-----通过酶促反应掺入到DNA/RNA中去制成探针----杂交----加抗地高辛-酶的复合物—加底物—显色;探测不同条件下的基因表达变化;FISH：Fluorescence In Situ Hybridization;;;RT-PCR是将RNA的反转录（RT）和cDNA的聚合酶链式扩增（PCR）相结合的技术。首先经反转录酶的作用从RNA合成 cDNA，再以cDNA为模板，扩增合成目的片段。;转录本;DNA;转录组; 转录组的特点：受到内外多种因素的调节，因而是动态可变的。能够揭示不同物种、不同个体、不同细胞、不同发育阶段及不同生理病理状态下的基因差异表达信息。;转录组学（Transcriptomics）：研究细胞在某一功能状态下所含mRNA的类型与拷贝数；比较不同功能状态下mRNA表达的变化，搜寻与功能状态变化紧密相关的重要基因群。 ;转录组研究的主要目的;转录组测序技术主要包括: 表达序列标签（EST） 表达系列分析（SAGE） 基因芯片(Chip) 高通量测序技术(NGS);转录组测序;转录组测序的特点;表达序列标签(EST)测定及分析;(2) 什么是表达序列标签? （expressed sequence tag, EST） ;EST的获得途径;cDNA文库构建;cDNA文库构建常见问题;原因;大规模EST序列测定的开始;　;EST数量排名前10的物种;EST技术流程;ESTs的应用;ESTs与基因图谱的绘制 EST可以借助于序列标签位点(sequence-tagged sites)用于基因图谱的构建. STS本身是从人类基因组中随机选择出来的长度在200-300bp左右的经PCR检测的基因组中唯一的一段序列。来自mRNA的3’非翻译区的ESTs更适合做为STSs，用于基因图谱的绘制。其优点主要包括： ● 由于没有内含子的存在，因此在cDNA及基因组模板中其PCR产物的大小相同； ● 与编码区具有很强的保守性不同，3’UTRs序列的保守性较差，因此很容易将单个基因与编码序列关系非常紧密的相似基因家族成员分开。 （James Sikela等，1991年） ;ESTs与基因预测 由于EST来源于cDNA，因此每一条EST均代表了文库建立时所采样品特定发育时期和生理状态下的一个基因的部分序列。使用合适的比对参数，大于90％的已经注释的基因都能在EST库中检测到(Bailey et al., 1998)。ESTs可以做为其它基因预测算法的补充，因为它们对预测基因的交替剪切和3‘ 非翻译区很有效。 ;ESTs与SNPs 来自不同个体的冗余的ESTs可用于发现基因组中转录区域存在的SNPs。最近的许多研究都证明对ESTs数据的分析可以发现基因相关的SNPs (Buetow et al., 1999;Garg et al., 1999; Marth et al., 1999; Picoult-Newberg et al., 1999) 。 应注意区别真正的SNPs和由于测序错误( ESTs为单向测序得来，错误率可达2％)而引起的本身不存在