第六章 第三节 人类基因定位的基本方法.pptVIP

第六章 基因定位与遗传图的制作第三节 人类基因定位的基本方法 一、人类基因定位和作图 1、人类基因定位常用方法 (1)家系分析定位（Pedigree method ) (2)体细胞杂交定位 (3)原位杂交定位（in situ hybridization) (4)基因剂量效应法 (5)染色体畸变定位 (6)限性酶精确分析定位 2、人类基因组作图有四种图谱：遗传图或遗传连锁图；物理图；核苷酸图；基因图。所有的图都需要有作图的界标（landmark）或遗传标记（genetic marker）。 常用的遗传标记有各种血型、各种蛋白质的电泳行为、蛋白 质的氨基酸组成、等位基因和特定的DNA序列等。 遗传标记是指可以追踪染色体、染色体的某一片段、某个基 因或某一特定DNA序列在家系中传递轨迹的任何一种遗传特 性。遗传标记常用于基因的连锁分析、基因定位、遗传作图和 基因转移的鉴定等。 DNA序列多态性（DNA sequence polymorphism）。指同一物 种的不同个体基因组DNA等位序列之间的差异。包括长度多态、 限制性酶切位点多态以及单核苷酸多态等,实质上是DNA序列的 突变所造成的核苷酸排列顺序的差异性。 基因组指纹图（genome fingerprinting map）。用短串联重 复序列探针与经限制性内切酶完全酶切的基因组DNA杂交，电泳 后显现的杂交条带图谱。 重复(DNA)序列(repetitive DNA sequence).指DNA分子中重复出现的核苷酸序列.分低度重复序列(基因组中有2-10个长度为1到几个bp的拷贝的DNA序列);中度重复序列(基因组中有10到几千个平均长度约300bp的拷贝);高度重复序列(基因组中有数千个到几百万个长度为6-200bp的拷贝). 3、基因作图中常用的遗传标记或界标： (1)限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）。 指用同一种限制性内切酶切割不同个体的基因组DNA时，会 产生长度不同的DNA片段，这反映出不同个体来源的DNA序列有 差别。当这种DNA多态性序列与人类某种遗传疾病的基因连锁 时，可作为遗传病诊断的标记。 (2)数量可变串联重复序列（variable number of tandem repeat，VNTR）。 在基因组中广泛分布着单位长度为6—12个核苷酸的串联重 复序列，在DNA的某些位置上这种串联成簇的重复单位数目不 同，用在串联重复序列两侧切割的限制性内切酶酶切后，就会 产生重复单位数目不等的片段。这种数量可变串联重复序列的 片段长度不同，可作为DNA多态性标记。 (3)短串联重复序列（short tandem repeat，STR）。 STR的重复单元长度为2～6个核苷酸，经10～60次串联重复 而成的简单重复序列。在不同个体的基因组中，这种重复单元 的数目变异很大，比RFLP和VNTR有更高的多态性，便于用PCR检 测，可大大提高遗传制图的精度。 (4)单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism ， SNP）。 指同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存 在两种不同的核苷酸且出现频率大于1%～2%的现象。SNP作为单 碱基的置换，在群体中只有两种等位基因型可以检出，就形成 双等位标记（bialledic marker）。这种界标在人基因组中可 多达300万个，平均每1300bp就会有一个，即两个人的基因组作 比较时，平均每1300个核苷酸中就有1个差别，所以这种界标数 目极多，覆盖密度大，可大大提高基因组作图的精度。SNP作为 一种碱基的置换，大多数是转换（即两种嘌呤间和两种嘧啶间 的置换）。它与点突变的区别是点突变率低于1%～2%。 SNP 可分为分布在基因组非编码序列中和基因组编码序列中(称为 cSNP)。 (5)序列标签位点（sequence tagged site， STS ）。 是人类基因组中已知的、非多态性的、单拷贝的短单一序 列，长度为200～500bp。这种界标可直接标定在基因组上，便 于用PCR进行扩增和检测。人类的Y染色体已经得到高分辨率的 STS图谱。 (6)表达序列标签（expressed sequence tag， EST）。 为一种非多态的短单一序列，长度一般在150～400bp,来自 cDNA文库的表达序列，代表基因表达信息的cDNA序列片段，即 EST是代表一种cDNA分子（基因），但一种cDNA分子或一个基因 可以有不止一个EST。由EST构成的图谱，有助于构建转录图或 基因图。 (7)随机扩增多态性DNA