人类外显子测序技术参数.docVIP

人类外显子测序技术参数 技术参数 一 基本功能要求 1.1 服务范围： 外显子测序 1.2 测序平台：HiSeq X Ten/Nova Seq6000 1.3 技术优势：合作项目1200例以上，成功的临床转化经验，优质的室间质评结果，在高通量、准确性上优势明显，应用效果好 1.4 实验流程：样本提取DNA，DNA质量检测，文库制备，库检，测序 1.5 样本要求：血液样本≥2mL，EDTA抗凝管收集，液氮速冻，干冰运输 1.6 数据质控：1.数据过滤及质控；2.比对及质控。 1.7 数据分析： 数据处理：测序得到的某些原始下机序列，会含有测序接头序列以及低质量序列，为保证后续信息分析的质量，我们对原始序列进行过滤，得到高质量的Clean Reads，再进行后续分析。 比对及质控：本项目以UCSC hg19参考基因组作为参考序列，利用比对软件BWA（，将过滤后的Clean Reads比对到参考基因组上，得到BAM格式比对结果文件。使用Samtools软件对BAM文件进行排序，只保留序列唯一比对结果，再利用Picard标记比对结果中的Duplication read，同时还利用GATK对InDel周围的序列进行局部重新比对，降低SNP检测假阳性，得到高准确性的用于变异检测的比对结果BAM文件。按照个体或样本的特征将其分类，使同一类别内的个体具有尽可能高的同质性，类别之间具体尽可能高的异质