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安徽牯牛降国家级自然保护区; 保护区有苔藓植物50科97属138种,维管束植物180科627属1210余种,包括蕨类26科54属104种,裸子植物5科7属10种,被子植物149科568属1096种。其中,属国家一级保护的有银杏、红豆杉,属国家二级保护的有香榧、鹅掌楸、香果树、长序榆、永瓣藤、花榈木等,属省级保护的有粗榧、三尖杉、青钱柳、安徽槭、黄山木兰、天目木姜子、天目木兰、紫茎、青檀、黄山花楸、天女花、银鹊树、短穗竹等。; 保护区内脊椎动物82科193属271种,包括兽类49种,鸟类147种,爬行类33种,两栖类17种,鱼类25 种。其中,属国家一级保护的有金钱豹、云豹、梅花鹿、黑麂、白颈长尾雉、黑鹳6种,属国家二级保护的有鬣羚、猕猴、短尾猴、穿山甲、大灵猫、白鹇、鸳鸯、红隼等23种,属省级保护的有中华大蟾蜍、红翅凤头鹃、花面狸、豹猫、狗獾等。 ; 牯牛降为安徽省第一个建立的森林生态系统类型国家级自然保护区,境内地带性原生植被保存完好,动植物资源极为丰富,是我国东部地区亚热带常绿阔叶林带重要的典型区域之一,被誉为华东地区生物物种“天然基因库”、“绿色自然博物馆”。牯牛降因物种丰富、特有种多,已被《中国生物多样性保护行动计划》列为“中国优先保护生态系统”。 ;安徽鹞落坪国家级自然保护区; 本保护区有野生植物141科572属1297种,其中国家重点保护植物有连香树、香果树、银杏、鹅掌楸、大别山五针松、金钱松、天竺桂、野大豆、厚朴、凹叶厚朴等,安徽特有植物有小叶腊瓣花、安徽槭、安徽碎米荠、安徽贝母等,大别山特有植物有大别山五针松、多枝杜鹃、白马尾鼠草、美丽尾鼠草、大别山石楠、大别山冬青等10余种。 ; 保护区内野生兽类有7目18科43种,其中国家一级保护动物有金钱豹、梅花鹿,国家二级保护动物有穿山甲、豺、水獭小灵猫、原麝。大别山原麝是一个特有亚种,因河南和湖北天然林较少,大别山原麝主要生活在皖西大别山的天然林和次生林中,本区是其最主要的集中分布区之一。另外,保护区繁殖鸟类共有11目30科108种,两爬类5目15科40种,其中国家重点保护的有白冠长尾雉、勺鸡、雀鹰、红隼、鸢、领角鸮、红角鸮、赤腹鹰、斑头鸺鶹、蓝翅八色鸫等。 ;安徽天马国家级自然保护区 ; 保护区内维管束植物有178科753属1881种(包括种下等级及部分常见栽培种),分别占全省同类的79.1%、61.1%、51.6%,包括蕨类29科59属105种,裸子植物6科14属26种,被子植物143科680属1750种。其中,属国家一级保护的有银杏,属国家二级保护的有大别山五针松、金钱松、连香树、鹅掌楸、香果树、野大豆、厚朴、凹叶厚朴8种,属省级保护的有三尖杉、巴山榧、天竺桂、天目木姜子、天目木兰、黄山木兰、天女花、黄山花楸、银鹊树、紫茎、领春木、青檀、天目朴、安徽杜鹃和安徽槭等19种。 ; 保护区内有陆栖脊椎动物22目61科185种,分别占全省同类的68.8%、62.2%、36.5%,包括两栖类2目8科17种,爬行类2目7科24种,鸟类11目29科108种,兽类7目17科36种。其中,属国家一级保护的有金钱豹、原麝,属国家二级保护的有大鲵、鸢、赤腹鹰、雀鹰、红隼、勺鸡、白冠长尾雉、领角鴞、红角鴞、斑头鸺鹠、蓝翅八色鸫、豺、水獭、小灵猫、虎纹蛙、穿山甲1 6种,属省一级保护的有红翅凤头鹃、花面狸和豹猫等18种,属省二级保护的有中华大蟾蜍、狗獾等16种。有益的、有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物116种,包括商城肥鲵、隆肛蛙、小头蛇、白鹭和野猪等。 ; 天马自然保护区地处大别山腹地,是中国东部亚热带北缘向暖温带过渡地区,为中国南北和东西生物物种交集汇萃的桥梁和纽带,生物资源丰富,区系成分复杂,珍稀、特有种类多,森林生态系统具有较强的典型性、代表性、稀有性和自然原始性,为宝贵的生物基因库,在华东地区乃至国内均属罕见,是科学研究、教学实习的重要基地。;安徽扬子鳄国家级自然保护区 ; 扬子鳄古称鼍,起源于中生代,距今约2亿7千万年,与恐龙近亲。在长江支流的水阳江和青弋江相接的清水河镇,一百年前还是一望无际的河滩。滩上芦苇、野草丛生,鱼、螺、蚌丰富,人烟稀少,这里特别盛产扬子鳄。世界上第一个扬子鳄模式标本产地就在这里。 ; 但是到了十九世纪末、二十世纪初,长江北面的居民陆续迁入此处,开始挑圩造田,破坏了扬子鳄的栖息地,使这一扬子鳄最大种群地于五十年代彻底瓦解。这一区域的扬子鳄几乎绝迹。扬子鳄的分布区域随着社会发展,人口增加,围湖造田,栖息地被破坏,特别是农药、化肥的广泛使用,它们像是遭受一场“化学武器”的浩劫,加之人为捕杀,使其数量每况愈下。到了七十年代
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