分子动力学简介简明分析.pptxVIP

分子模拟及分子动力学简介 什么是分子模拟 什么是分子模拟 分子模拟是在分子模型的基础上用计算机做实验，“计算机实验” 通过模拟微观粒子的运动来计算宏观性质 温度 压力 黏度 传递性质 表面张力 ．．．． 分子间的作用模型 牛顿力学 量子力学 统计力学等 分子模拟的双重性质 分子模拟具有理论和实验的双重性质 分子模拟不能完全取代实验 理论 实验 模拟 理论的正确性 模拟参数的正确性 模拟方法的选择 理论的更新 分子模拟的大致分类 与自然界相比的准确程度 尺度（米） 时间（秒） 10-9 10-7 10-5 10-3 10-15 10-9 10-6 10-3 1 电子模拟（量化计算，DFT） 分子模拟（分子动力学，蒙特卡洛） 颗粒方法 流体力学 量子力学模拟：ab initio 原子结构 薛定谔方程 模拟电子云 能量性质，化学键等信息 量子化学计算 一般处理几个到几十个原子 常见软件：GAUSSIAN，NWCHEM等 密度泛函（DFT） 可以算到上百个原子 常见软件：VASP 分子级别的模拟 分子水平的模拟 以分子的运动为主要模拟对象 采用经验性的分子间作用函数模拟微粒之间的作用 一般情况下不考虑电子转移效应，因而不能准确模拟化学成键作用 发展最早 1950s，Alder，劳伦斯利物默实验室，分子动力学模拟32个原子 1950s，Metropolis，洛斯阿洛莫斯实验室，蒙特卡洛模拟32个原子 分子级别的模拟应用的领域很广 广泛应用于化学，物理，生物，化工，材料，机械，治药等领域 简单易学 蒙特卡洛方法 蒙特卡洛是一种优化方法 通过蒙特卡洛算法来寻求能量最优点 随机方法 通过系综平均来求取宏观性质 模拟的是平衡状态，不涉及时间效应（KMC除外） 优点是可以跨越时间因素，缺点是得不到有关时间信息的性质 分子动力学 可以模拟平衡状态，也可以模拟中间状态 可以获得有关时间的信息 受时间的限制，无法模拟缓慢过程 分子体系 （几百~几亿） 求解牛顿运动方程 宏观性质 CPMD:考虑量子效应的分子动力学 同时考虑原子核的运动（牛顿力学）和电子的运动（量子力学） 能同时准确模拟物理作用和化学键作用 目前来说CPMD可以处理的体系还很小（几十个原子） 颗粒方法（Coarse Grain） 将分子基团（几个或者几十上百个原子）当成单个的微粒来处理 微粒之间的作用也是通过类似于分子动力学的未能函数来描述 可以模拟更长的时间跨度 电子 原子核 原子 量子级别模拟 分子级别模拟 CG级别模拟 分子动力学简介 势能模型 分子动力学对势能函数的依赖性：所有从分子动力学计算出来得到的宏观性质最终都取决于势能模型 分子动力学的核心：牛顿运动方程 势能（位能）模型： 简单分子的势能模型 r U r 例：甲烷，某些惰性气体 质点处理 U r 方阱模型 U r 阶梯模型 复杂分子的势能模型 键的振动  键角 扭矩 分子内部各原子（基团）之间的范德华力、静电力 一般要计算1-4（相隔超过两个键的原子或基团对） 1 5 4 3 2 复杂分子的势能模型 q q q 分子之间的范德华力 分子之间的静电力 例子：丙烷 C C C H H H H H H H H 10根键长作用 18个键角作用 8个扭矩作用 27个范德华力作用 27个静电作用 键长 Morse类键长模型 能量阱深参数 键长 平衡键长参数 胡克类键长模型 键长 平衡键长参数 键角 胡克类键角模型 键角 平衡键角参数 扭矩 扭矩障碍参数 扭动360度所经过的能量最低点的次数 范德华力 Lennard-Jones模型 U r ε σ 不同类别原子之间的作用 混合规则 A B A B 通常都取1 静电力 一般情况下只考虑点电荷之间的作用力 不考虑极化作用所带来的长程项的作用 分子A的点电荷总数 分子B的点电荷总数 周期边界条件 用有限的微观分子体系模拟实际宏观体系的必要手段 3 2 1 4 3 4 2 1 2 1 计算周期边界条件下两个 微粒之间的作用 宏观体系 微观体系 静电力的长程校正 主盒 影子 影子 影子 Ewald方法 Particle Mesh Ewald 方法（PME) 计算量很大 多体作用 B A C 处理方法 模型参数的获得 通过量子化学模拟回归得到 点电荷 范德华力 键长、键角、扭矩力 实验数据回归 键长 键角 范德华力 分子动力学程序的一般步骤 初始化 能量优化 平衡 数据产出 避免局部分子重叠， 并不是动力学模拟 根据所有分子的当前坐标计算个分子的受力（位能函数） 根据受力更新分子的坐标 在此过程中收集用来计算宏观性质的有关信息 读入模型参数，模拟控制参数 初始能量优化方法 去除某些可能存在的原子重叠 去除某些严重扭曲的键长、键角、扭矩等 方法 最速下降法 牛顿拉夫森方法 其他 一般优化几