动力学模拟gromacs绝对详细概要.pptxVIP

动力学模拟实验 ;一、选题背景：;两条链的序列: gipdb|1YPU|A Chain A, Human Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor Lox-1 C2 Space GroupRVANCSAPCPQDWIWHGENCYLFSSGSFNWEKSQEKCLSLDAKLLKINSTADLDFIQQAISYSSFPFWMGLSRRNPSYPWLWEDGSPLMPHLFRVRGAVSQTYPSGTCAYIQRGAVYAENCILAAFSICQKKANL gipdb|1YPU|B Chain B, Human Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor Lox-1 C2 Space GroupRVANCSAPCPQDWIWHGENCYLFSSGSFNWEKSQEKCLSLDAKLLKINSTADLDFIQQAISYSSFPFWMGLSRRNPSYPWLWEDGSPLMPHLFRVRGAVSQTYPSGTCAYIQRGAVYAENCILAAFSICQKKANL ;结构特征;二，利用GROMACS进行深入的结构优化和短时间动力学模拟 ;实验准备阶段： 1，Pdb2gmx，选择 Gromacs43a2 力场，生成 .gro 和 .top文件 pdb2gmx -ign