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一文掌握基因功能( GO )和信号通路( Pathway )分析
今天 C 君来给小伙伴们解读一下 GO 分析和 Pathway
分析结果,并讲解如何通过与差异基因结果结合挑选目标基
因。
以一篇文章为例, 让你分分钟学会这个套路。 (结尾有彩蛋)
文章案例 Identification of a novel biomarker, SEMA5A, for
non-small cell lung carcinoma in nonsmoking women
相关
基因:
SEMA5A
相关疾病
:
Carcinoma,
Non-Small-Cell
Lung; Lung NeoplasmsPMID:
影响因子
3.622 GEO
相关样本:
120
本文研究的是非吸烟肺癌患者的致癌机制,作者用芯片检测
了台湾地区非吸烟肺癌女性患者
60 对癌症和癌旁肺组织样
本,利用配对
T 检验筛选了肿瘤组织中
687 个差异表达基因。
如何将
687 个差异基因缩小范围呢?
我们需要判断差异基因在肺癌细胞中主要富集在哪些功能
类群和代谢通路。文章作者利用
IPA ( Ingenuity Pathway
Analysis
)软件对差异基因进行了功能分析,
筛选出了
16 条
显著性代谢通路。
在最显著的三条通路中,其中两条都和轴突导向信号通路
(axon guidance) 相关,作者很意外,于是选择了轴突导向信
号通路,并在其中挑选了差异表达倍数最高的
SEMA5A
基
因作为后续的研究对象。
归纳一下作者的整体思路,先找差异基因,并通过功能分析
进一步缩小差异基因的范围,再从中有针对性的挑选基因。
在差异基因的功能分析中,主要有
GO 功能分析和 pathway
分析,上面案例作者主要用了
pathway 分析。
名词解释 GOGO 是 Gene ontology
的缩写, GO 数据库分
别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行
了标准化描述,即对基因产物进行了简单注释。
通过 GO 富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学
功能、途径或者细胞定位。
PathwayPathway 指代谢通路, 对差异基因进行
pathway
分
析,可以了解实验条件下显著改变的代谢通路,在机制研究
中显得尤为重要。
GO 分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群,而
pathway 则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。
文章分析结果重现我们来沿着作者的革命道路看看如何筛
选出最后的 SEM5A 基因。
C 君利用上述案例中的数据 GSE19804 在 GCBI 在线实验
室首先进行差异分析( |fold change|gt;2, P 值
lt;0.001gt;lt;gt;
将差异基因分别进行 GO ( P 值lt;gt;lt;gt; 和 pathway
分析( P 值 lt;gt; ,富集得到 351 个 GO term 和 110 条
pathway 。
结果如下图所示,表一和表二分别为部分 GO 富集结果和最
显著的 15 条 pathway 分析结果。
结果怎么看呢?
表头的各个参数解释如下,其中,重点看三个指标,
enrichment score 、p 值和 FDR 。
Pathway 分析主要看 P 值和 FDR 值,两者越小越好。 GO 分析还可看 enrichment score ,数值越大表示某个 GO term
越容易受到实验因素的影响。
GO 和 pathway 分析结果中都得到了文章中选定的 axon
guidance 这个结果(红框) 。
如何定位到基因呢 ?
axon guidance 通路中的所有差异表达基因全部挑选出来,
列表如下。作者在文中挑选了显著性最高的 SEMA5A 作为后续的研究对象。
在此次分析中,当 p 值小于 10^-6 时默认为 0,按照表达倍数排列 SEMA5A 也排在前列,和作者的结果较吻合。
想要进一步了解 GO 和 Pathway 分析结果怎么看, 请观看文章末尾视频,另附差异基因结果解读。
教程: GO 和 pathway 分析目前有许多 GO 和 pathway 分
析软件, GO 分析软件有 Avadis (商业软件)、BiNGO (开
java )、 DAVID (基于 web 的工具)等, pathway 分析有
IPA 和 MetaCore (商业软件)等。
但这些软件学习成本高,且许多都是商业软件。
有没有一种分析方法无门槛,直接上手就可以搞定的呢?
GCBI 平台, 伸手党的福音, 生信分析方法直接加载了模块,
你需要做的只是创建
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