第三章 人类基因组（新）.pptVIP

扬州大学医学院医学遗传教研室 武辉 扬州大学医学院医学遗传教研室 武辉 第三章 人类基因组 一、人类基因组 1. 基因组( Genome) 泛指一个细胞或病毒的全部遗传信息。在真核生物中，基因组是指一套完整单倍体DNA和线粒体DNA的全部序列。 3.2 X 109 bp, 3,300 cM 2万-2.5万个基因 人类基因组包含了核内基因组 和线粒体基因组 人类基因组 细胞核基因组 =3000 MB 线粒体基因组 =16.6 KB 基因和基因有关顺序 基因外 DNA 单一或中等 重复 单一的或低拷贝顺序 中度至高度重复顺序 13个蛋白 编码基因 2个rRNA 基因 22个tRNA 基因 非编码的DNA 编码的 DNA 假基因 DNA片断 内含子 非翻译序列 串联重复顺序/成簇重复顺序 散在重复 顺序 10% 90% 70%-80% 20%-30% 60% 40% 20% 80% 1.1 单拷贝顺序： 核苷酸序列只出现一次或几次 包括大多数编码蛋白质的基因 1.2 重复顺序： 在基因组中有多个拷贝，约占50％。 高度重复顺序（highly repetitive sequence) 单位长度：几个到几百个 拷贝数：106 着丝粒、端粒等处的卫星DNA。 功能：不转录，参与染色体结构维持，形 成结构基因间隔，可能与减数分裂时同源 染色体联会配对有关 典型的高度重复序列DNA可分为卫星DNA和反向重复序列 卫星DNA 小卫星和微卫星DNA ：15-65bp；1-6bp 基因组中散在分布，按孟德尔方式遗传，拷贝数在个体间高度变异，应用于基因定位、DNA指纹分析、遗传病的连锁诊断等。 反向重复序列 如：一GTGCTAA和TTAGCAC 中度重复顺序（moderately repetitive sequence) 单位长度：300-7000 bp 功能：一般不编码；推测参与基因表达调控，包括 基因活性的开关、DNA复制的起始、促进/终止、转录等。 Alu家族 300 bp, 300,000 个成员，基因组中散在分布 170 位有AluI 的切点 （AG CT） 二、遗传多态性 1. 多态性(Polymorphism): 群体中经常存在的两种或两种以上较常见的变异型或等位基因，其中最罕见的一种在人群中不少于1% 蛋白质、酶的多态 染色体多态：染色体的细胞遗传学形态 DNA多态 (分子水平的遗传多态) 平均杂合度：12~18% 碱基变异：1/1000bp 按孟德尔方式遗传 2. 限制性片断长度多态性 (RFLP) -Restriction fragment length polymorphism Variation between individuals in DNA fragment sizes cut by specific restriction enzymes； RFLP：用同一种限制性内切酶消化不同个体的同一段DNA时，由于碱基组成的变化而改变限制性内切酶识别位点，从而会产生长度不同的DNA片段。 RFLPs usually are caused by mutation at a cutting site.  反映了个体间可遗传的变异 2.1 点多态 (point polymorphism) 单个碱基改变引起酶切位点的出现或消失 缺点： 信息量低，数量有限，分布不均 检测技术： 酶切 (琼脂糖)电泳 Southern Blot PCR-RFLP RFLP示例 RFLP的实例，不同位置的电泳条带显示不同的等位基因。 家系图谱和实验结果的对照关系用于显示孟德尔遗传方式。 2.2 VNTR和新一代的RFLP VNTR ( Variable number tandem repeats ) 基因组中存在的小卫星DNA是由短的DNA 序列串联重复组成，重复次数在人群中高 度变异 按孟德尔方式遗传 优点：复等位基因；多态信息含量高。 用于个体鉴别、遗传分析和基因定位等 VNTR 区域 VNTR 示意图 2.3 单核苷酸多态 single nucleotide polymorphism, SNP 基因组内特定核苷酸位置上存在两种不 同的碱基，其中最少的一种在群体中的 频率不小于1% 约3,000,000 二态的遗传变异 多为转换，C T cSNP或功能多态性 SNP的医