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- 2020-04-15 发布于云南
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CCA
概述
基于对应分析发展的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。主要用来反映菌群与环境因子之间的关系。RDA?是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。RDA或CCA选择原则:先用species-sample资料做DCA分析,看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小,如果大于4.0,就应选CCA;如果在3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可;如果小于3.0, RDA的结果要好于CCA。
二、图的解释
/allwegene3/project/16s180305_M03506_0115_000000000-BMW49-025/LMMIXAA800083-14/AWGNJ/all/clean_tag/fa/project/distribution/allwegene3/project/16s180305_M03506_0115_000000000-BMW49-025/LMMIXAA800083-14/AWGNJ/all/clean_tag/fa/project/distribution做法
标准输入:
环境因子和样本的数据(注意:样本不是分组),示例如下
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