合成生物学简约课件.复习过程.pptVIP

理解前馈结构必须很好地理解基因X和Y对Z的共同作用。可以用两种逻辑门来模拟X和Y对Z的调控作用： “与”门表示Z的激活需要X和Y同时满足要求，如图C所示； “或”门表示X和Y中只要有一个满足要求即可激活Z，如图D所示。 其他拓扑结构 常用性能指标 稳定性(stability) 反映在暂态扰动消失后的时间响应性质上，对于稳定性的分析，有助于人们了解系统能够承受的最大干扰的幅值和频率，从而对实验设计有一定的指导意义。 定义为：系统在任何足够小的初始偏差的作用下，对于暂态扰动的时间响应随着时间的推移而逐渐衰减并趋向于零，则该系统是稳定的；否则，该系统是不稳定的。稳定性是相对而言的，再稳定的系统所能承受的外界干扰也是有限的。如果外界干扰幅值过大，系统会因无法承受而崩溃，或者发生结构改变。 鲁棒性( robustness) 就是系统的健壮性。它是在异常和危险情况下系统生存的关键。所谓“鲁棒性”，是指系统在一定（结构、大小）的参数摄动下，维持某些性能的特性。例如，计算机软件在输入错误、磁盘故障、网络过载或有意攻击情况下，能否不死机、不崩溃，就是该软件的鲁棒性。 鲁棒性和稳定性是从两个不同角度衡量合成系统抵御宿主细胞内外环境扰动的能力。鲁棒性侧重扰动导致模块自身结构参数变化时维持原来状态的能力；而稳定性则侧重模块受到外界扰动后维持稳定的能力，模块也许会从原来的稳定状态过渡到新的稳定状态，但仍然维持稳定的能力 响应快速性 所谓的响应快速性就是处于稳定状态的系统对于外部环境改变的快速反应能力，也是系统在受到扰动后迅速进入稳态的能力。对于生物模块来讲，任何输入信号，无论是信号分子、蛋白质，还是代谢物都会降解、排出或者转化成其他物质。生物模块必须要在这些输入信号消失之前做出响应，才能确保自身功能的发挥 响应快速性可以通过改变具体的基因序列或者生物大分子构象等多种方法来改进。而且，响应的快速性是建立在系统的鲁棒性和稳定性基础上的，只有保证模块或者系统不被分解、不发散，快速性才有意义。因此，对于生物模块的性能分析还足以稳定性和鲁棒性为主 1.5 稳定性分析 目前对于系统的稳定性分析还是主要建立在系统模型的基础之上，对于模型的精度具有一定的依赖性。 一般可以采用两种方法来分析其稳定性：解析法和数值法。 解析法分析通常需要繁琐的运算，对于没有解析解的模型来说甚至根本行不通。 因此通常采用数值解法来分析系统的稳定性。 相位面分析是数值分析的常用方法 1.6鲁棒性分析／敏感性分析 鲁棒性分析关心的是系统参数发生摄动时，系统能否保持原有的性能和状态，因此需要分析参数变动对于状态的影响，即参数敏感性分析。敏感性分析并不能得出真实的速率常数，只是辅助确定哪个参数更重要。在知识不完备情况下进行系统设计时，确定对系统输出具有最显著影响的参数是至关重要的：如果需要维持系统性能。则应尽量维持最敏感的参数不变；如果需要改变系统性能，则改变最敏感参数可能是最便捷的途径，因为系统输出通常只对少数几个参数敏感，相应突变的候选反应数量则完全可能缩小到实验可以处理的范围内 1.7 提高系统稳定性和鲁棒性的机制 生物系统各种各样的内源和外源噪声都能影响合成生物模块在活体内发挥期望的能。基因表达中内源因素引起的噪声主要是指单个基因水平上生化反应的随机性；而外源噪声则包括代谢物、核糖体以及聚合酶等细胞组分的波动。有些研究表明，基因表达内源噪声引起的干扰一般要快于细胞周期，而外源噪声引起的干扰则具有较长的时间尺度且对合成模块的功能具有更显著的影响。 噪声对于具体合成模块的影响不仅取决于噪声本身的属性。也取决于模块的属性。在进行装置及模块功能模拟和仿真时考虑噪声的影响对于生物系统设计按照预期功能工 作非常重要。可以利用某些机制来提高系统的稳定性和鲁棒性。 生物学家的解决方案 美国Davidson学院的K. Haynes用长短和方向 (5’→3’或3’ →5’)各不相同的DNA片断来代表烤饼。由重组酶Hin/hix来完成“烤饼”的换位和方向改变。设计一个基因线路，使当“烤饼”按要求排好后，抗四环素基因表达，反之则不表达。然后把这种工程化的大肠杆菌大量繁殖，使一个培养皿中达到数亿个菌体。每个细菌都是一部“计算机”，各自独立、互不干扰的进行“计算”。一段时间后用四环素处理菌体，没有完成排序任务的细菌都被杀死了，剩下的只有完成排序任务的菌体。从一开始到找到完成任务的菌体所需时间模拟了最少操作步数。 大肠杆菌砷探测器 在世界各地尤其是孟加拉国，饮用水中砷或亚砷酸盐往往超标，危害数百万人的身体健康。世界卫生组织(WHO)要求饮用水砷或亚砷酸盐的浓度不得超过10ppb。现有的砷检测方法难以达到