dna甲基化及其检测.pptxVIP

纲要表观遗传学DNA甲基化DNA甲基化检测方法研究进展一、表观遗传学现象1：一个生物体的不同组织基因表达模式截然不同表达模式迥异基因型相同现象2：同卵双生的孪生子具有完全相同的基因组。但他们往往在长大成人后在性格、健康方面往往存在很大差异。 现象3： 肿瘤抑制基因被过量地甲基化而导致失去活性，而基因的DNA序列并不发生变化。 现象4：橘生淮南则为橘，生于淮北则为枳，叶徒相似，其实味不同。同一种水果，在不同产地生长，其味道，大小，外观可能相差很远。如果他们出生在不同的地方…Basket ball player？President？Singer？TV host？环境基因表观遗传学表型相同的基因型 ? 不同的表型 什么是表观遗传学？ 表观遗传学： 基因序列无变化 基因功能发生变化 可遗传并且是可逆的 表观遗传学机制： DNA甲基化 组蛋白修饰 RNA调控（RNA干扰，microRNA, long non-coding RNA等)表观遗传学/Epigenetics 定义‘Epi’genetics - ‘On’ or ‘over’ the genetic information encoded in the DNA 基因型不变的情况下，影响表型并能遗传的现象，称为表观遗传或后生遗传。表观遗传学研究的是在基因组DNA序列不变的情况下，在表型上具有的稳定的、可遗传(或潜在的可遗传性)的变化。在细胞基因组上存在两类信息： A- 遗传学信息 B- 表观遗传学信息前者——维持细胞活性功能工厂的所有物质材料后者——怎么建、何时建、在哪建的附加信息基因组不仅仅是序列包含遗传信息，而且其修饰也可以记载遗传信息。表观遗传的特点：广泛，多样，复杂DNA sequence codingEpigenetic programming表观遗传学目前的主要研究发现DNA甲基化 染色质重塑 RNA调控（RNA干扰， 非编码RNA:microRNA, long non-coding RNA等) 二、 DNA甲基化DNA甲基化RNA机制组蛋白翻译后修饰DNA 甲基化的概念及机理1950年，Wyatt在Nature上首次指出测序结果表明DNA可能存在第5碱基。DNA甲基转移酶： DNMT胞嘧啶： Cytosine5’-甲基胞嘧啶： 5-MethylctosineS-腺苷-甲硫氨酸： SAMS-腺苷- 高半胱氨酸：SAH高等生物基因组甲基化特点 1）广泛性 2）可遗传性 3）可逆性 4）组织特异性广泛性CpG岛(CpG islands) 在结构基因5’端附近的调控区段， CG二联核苷常常以成簇串联的形式排列，含量大于50%。 预测软件 http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.htmlhttp://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/可遗传性A: 未甲基化或低度甲基化的启动子能够允许转录正常进行。C: MBP ( Me-CpG binding protein ) 也阻止转录因子和启动子区的结合。B: 甲基化的CpGs阻止转录因子的结合，因此阻止转录。DNA的甲基化如何调节基因表达？其他，如改变染色质结构，…启动子高甲基化使基因表达受抑制DNA甲基化的功能DNA 修复基因表达的调节癌基因代谢DNA甲基化分化细胞周期 凋亡 三、DNA甲基化检测手段DNA甲基化检测方法总览 主要检测途径3-1 基于重亚硫酸盐转化的方法3-2 不基于重亚硫酸盐转化的方法 3-1基于重亚硫酸盐转化的方法质谱分析水解核苷酸质谱分析基于重亚硫酸盐转化的甲基化分析原理1基于重亚硫酸盐转化的甲基化分析原理2应用一:直接测序法（Direct sequencing)直接测序法图6 PMVK基因扩增产物反向测序结果图7 TRIB3基因扩增产物正向测序结果应用二： 重亚硫酸盐转化后PCR克隆测序(Bisulfite-sequence PCR，BSP)BSP克隆测序结果43AM43AE43BE43B43A43B43B(369bp) 注： A：癌组织；B：癌旁组织；○-：未甲基化；●：甲基化BSP克隆测序甲基化率三维图形应用三：甲基化特异性PCR (methylafion-specific PCR，MS-PCR)甲基化特异性PCRMSP法检测抑癌基因RASSF1A启动子区的甲基化 U M U M U M ladder250200150100图MSP检测组织切片DNA甲基化状态电泳图片甲基化特异性PCR（MSP）结果，U为非甲基