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蛋白质组学与抗逆性
主要内容
一、蛋白质组学概念及发展
二、蛋白质组研究方法
三、蛋白质组学在非生物逆境中的应用
1、概念
?
蛋白质组与基因组区别
基因组是静态的,
一个有机体发生、
发展、衰亡,不同
细胞、组织基因组
是基本稳定不变
蛋白质组是动态的,
作为基因组表达的产
物随时间、地点、环
境条件变化。
从mRNA表达水平并不能预测蛋白表达水平
蛋白质合成、降解、加工、修饰调控过程,需要蛋白质组分析
2、蛋白质组学发展历史
1996年澳大利亚建立了世界上第一个蛋白组研究中
心(Australia Proteome Analysis Facility)。
我国从1997年开始开展蛋白质组研究,是较早倡导
和开展蛋白质组学的主要国家之一。
2001年2月9日宣告成立国际人类蛋白组组织(HUPO)
2001年我国蛋白质组研究进入快速发展新阶段,设立
了“973”和“863”项目
3、蛋白质组学研究
生物学问题:蛋白质表达变化 翻译后修饰 蛋白质-蛋白质互作
其他研究内容
蛋白质组学研究的技术平台和生物信息学
?蛋白分离技术
?鉴定技术
?分析软件
?数据库
研究方法
蛋白质组学应用领域
蛋白质组学应用
Proteomics by PubMed
Protemics 44,733 publications (2001--2012)
缩写名/全名 影响因子 年文章 投稿难易 一审周期 J PROTEOME RES
较难
5.113 493
较快
PROTEOMICS
较难
4.505 426 平均2月
J PROTEOMICS
4.878 301 命中率约50% 平均1月
MOL CELL PROTEOMICS
7.398 265 较难 一般,3-6周
BBA-PROTEINS PROTEOM
3.635 211 较易 平均2月
PROTEOM CLIN APPL
1.97 57 较易 较慢,6-12周
EXPERT REV PROTEOMIC
3.685 56 一般 较慢,6-12周
CURR PROTEOMICS
3.179 6 命中率约80% 12周或约稿
主要内容
一、蛋白质组学概念及发展
二、蛋白质组研究方法
三、蛋白质组学在非生物逆境中的应用
(一)经典蛋白质组学研究方法
(二)蛋白质组学新方法
(一)经典蛋白质组学研究路线
1、样品处理
通常采用细胞或组织中的全蛋白质组分进行分析;也
可以进行样品预分级,对不同组分蛋白进行研究:
2、蛋白质分离技术
凝胶分离技术:
?双向凝胶电泳(2-DE) 应用最广泛、最成熟
?双向荧光差异电泳(DIGE)
新型非凝胶电泳:
?液相色谱法(LC)
?毛细管电泳(CE)
(1)双向凝胶电泳(2-DE)
第一向:等电聚焦(IEF)
根据蛋白质的电荷差异将蛋白质分离
第一向:等电聚焦(IEF)
第二向:SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳
根据蛋白质的分子量差异将蛋白质分离
第二向:SDS
蛋白质染色
考马斯亮蓝染色法、银染法、荧光染色法(Cy3,Cy5)
考马斯亮蓝染色法 银染法
一次良好的2-DE分析
染色比较
显色方法 灵敏度 优点 缺点
考染 200ng
操作简便,价格低
廉,便于后续鉴定
灵敏性差,所需
上样量大
银染 0.1ng
灵敏性好,所需样
品少
操作复杂,不利
于后续鉴定
荧光 1ng
定量定性较好,便
于后续鉴定
仪器试剂昂贵
(2)新型非凝胶电泳分离技术
克服双向(2-D)电泳中难以分离鉴定的高分子量
(100KD)、低分子量(10KD)、极酸性、极碱
性和疏水性强的蛋白进行有效分离,与质谱联用。
蛋白质组分离方法的优、缺点
类别 优点 缺点
只能分析可溶性蛋白,操
2-DE 成本低,重复性较好
作繁琐,工作量大,需要
蛋白样品量较大
可分离样品分子大小差异较大的蛋
HPLC
2D-LC
白质、低丰度蛋白质及疏水性蛋白
质,易与质谱连接,高灵敏度,分
成本高
析速度快,自动化程度高
3、蛋白质鉴定技术
蛋白质鉴定过程
(1)
图像扫描分析
胶内蛋白质酶解 蛋白点挖取
质谱分析 自动质谱点样
(3) (2)
(1)凝胶图像处理
分析软件
(2)差异蛋白酶切
胶内蛋白质酶解 蛋白点挖取
(3)质谱分析
原理
质谱技术发展过程
质谱分类
? 一级质谱(肽质量指纹图谱)
? 二级质谱
一级质谱
电喷射离子井飞行时间
质谱(ESI-TOF MS)
基质辅助激光解析飞行时间
质谱(MALDI-TOF MS)
电喷射离子井飞行时间质谱(ESI-TOF MS)
基质辅助激光解析飞行时间质谱(MALDI-TOF
MS)
肽质量指纹图谱(peptide mass fingerprinting,PMF)
离子化的肽段经质谱仪,因相对分子质量差异而被分
离,产生含有不同峰值的肽质量指纹图谱。
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