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蛋白质组学技术在各研究领域中的 应用和思路 刘钟慧 1186141052@ 目录 CONTENTS 蛋白质组学研究方法 生物医学与蛋白质组学 农林领域与蛋白质组学 环境科学与蛋白质组学 1 蛋白质组学研究方法 CHAPTER 组学技术示意图（信息从基因组-转录组-蛋白组-代谢组的传递） UPLC–MSE application in disease biomarker discovery: The discoveries in proteomics to metabolomics （2014） 曾经我们以为，生命的复杂程度与基因 数目成正比； *同一基因组，在不同细胞/组织中表达的蛋白质谱不同(如： 脑、肝、心和肾之间) *同一细胞/组织，在不同时间/不同环境条件下表达额蛋白 人类与简单生物的巨大差别，来自蛋白 质之间相互作用的数量 谱也不同（如：胎儿与成人） *即蛋白质组是空间和时间上动态变化着的整体，一个基因 组对应多个蛋白质组 人类蛋白质组全谱绘制完成 2014年，人类蛋白质组全谱绘制完成，2篇文章发表在nature 2016年，第3篇文章发表在nature，对蛋白定位进行了补充 1.17种成人组织，7种胎儿组织，6种人 造血细胞； 2.共鉴定17294非冗余蛋白，覆盖84% 人类基因； 3.人类蛋白质组实现接近完全覆盖； 蛋白质组学研究现状 中国人类蛋白质组计划（CNHPP） 2014年6月全面启动实施，主要目标是以 我国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋 白质组研究相关设备及关键技术，绘制人 类蛋白质组生理和病理精 细图谱、构建 人类蛋白质组“百科全书”，全景式揭示 生命奥秘，为提高重大疾病防诊治水平提 供有效手段，为我国生物医药产业发展提 供原动力。 数据库：NCBI-Pubmed；时间：2016年7月4日 约4万篇文献，以human为研究对象的占一半以上 蛋白质组学概念和技术特点 蛋白质组（proteome）：由澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Willianms在 1994年首次提出，指组织或细胞中所有蛋白质的集合 蛋白质组学（Proteomics）：是指在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋 白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水 平上的关于生理、病理等过程的整体而全面的认识。 Bottom-up and Top-down ? 在蛋白质的水平上进行的蛋白质组 学研究 top-down 1.理想的蛋白质组学研究模式，当 前技术攻关的热点 2.技术上存在困难，近期难以实现 通量化 ? 在多肽的水平上进行的蛋白质组学 研究 bottom-up 1.技术相对成熟，是当前蛋白质组 学研究的主流 2.信息不全 Bottom-up蛋白质谱鉴定原理 蛋白质组学数据库 提取样本中的蛋白 产生理论多肽 ASDFJQWEER/YYYTYETFDA SFISOK/SFADFPPPDMK/A EOMIGNDFKAJASDR/UPJ QA 将蛋白酶解成多肽 将计算机模拟的理论质谱 图和采集到的质谱数据比 对，获得多肽鉴定结果， 进而推测出蛋白鉴定结果 SDS, IEF Gel-based 双向电泳2DE SCX, R P, SEC 分离 HPLC分级 Liquid-based 2D-HPLC FFE 蛋白质 LC-ESI-MS-MS MALDI-TOF-MS MS ESI-MS 鉴定 MS-MS MALDI-TOF-TOF MALDI-Q-TOF LC-ESI-MS-MS 传统方式：基于SDS和双向电泳分离的质谱鉴定技术 基于2D的经典定量分析方法。 1、样品准备和定量：抽提对照组和各种不同实验组 的蛋白质。 2、蛋白质分离：蛋白质经过2D分离后染色 （银染、考染等）。 3、蛋白质的定性与定量分析：通过与对照组相 Image Master 7.0分析出实验组中差异点，质谱鉴定差 异点蛋白质,同时应用软件分析出其表达量的变化。 基于HPLC分离的LC-MS技术已逐渐取代 基于SDS，2-DE分类的技术 1.对于蛋白的分离受到丰度、等电点、分子量和疏水性等 的限制；低丰度蛋白，极大分子量和极小分子量，极碱和 疏水性蛋白质，都难以进行有效分离 2.操作费时费力，难以实现和质谱的直接联用，不易自动 化 Label-free定量 1.需要好的色谱重现性，ESI喷雾不连续性 和污染物均影响鉴定效果 2.多次重复间归一化与校正非常重要！ ? 复杂的蛋白样品首先经过酶解形成肽段， 再经过广泛分级，由自动化的串联质谱鉴 定。这种方法可以分析全细胞裂解样品和 组织抽提物，也可以分析亚细胞分级组分、 分离的细胞器等其他亚蛋白质组。 Label-free实验流程： 1、 样本提取蛋白 2、 胰蛋