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蛋白质组学技术在各研究领域中的
应用和思路
刘钟慧
1186141052@
目录 CONTENTS
蛋白质组学研究方法
生物医学与蛋白质组学
农林领域与蛋白质组学
环境科学与蛋白质组学
1
蛋白质组学研究方法
CHAPTER
组学技术示意图(信息从基因组-转录组-蛋白组-代谢组的传递)
UPLC–MSE application in disease biomarker discovery: The discoveries in proteomics to
metabolomics (2014)
曾经我们以为,生命的复杂程度与基因
数目成正比;
*同一基因组,在不同细胞/组织中表达的蛋白质谱不同(如:
脑、肝、心和肾之间)
*同一细胞/组织,在不同时间/不同环境条件下表达额蛋白
人类与简单生物的巨大差别,来自蛋白
质之间相互作用的数量
谱也不同(如:胎儿与成人)
*即蛋白质组是空间和时间上动态变化着的整体,一个基因
组对应多个蛋白质组
人类蛋白质组全谱绘制完成
2014年,人类蛋白质组全谱绘制完成,2篇文章发表在nature
2016年,第3篇文章发表在nature,对蛋白定位进行了补充 1.17种成人组织,7种胎儿组织,6种人
造血细胞;
2.共鉴定17294非冗余蛋白,覆盖84% 人类基因;
3.人类蛋白质组实现接近完全覆盖;
蛋白质组学研究现状
中国人类蛋白质组计划(CNHPP)
2014年6月全面启动实施,主要目标是以
我国重大疾病的防治需求为牵引,发展蛋
白质组研究相关设备及关键技术,绘制人
类蛋白质组生理和病理精 细图谱、构建
人类蛋白质组“百科全书”,全景式揭示
生命奥秘,为提高重大疾病防诊治水平提
供有效手段,为我国生物医药产业发展提
供原动力。
数据库:NCBI-Pubmed;时间:2016年7月4日
约4万篇文献,以human为研究对象的占一半以上
蛋白质组学概念和技术特点
蛋白质组(proteome):由澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Willianms在
1994年首次提出,指组织或细胞中所有蛋白质的集合
蛋白质组学(Proteomics):是指在大规模水平上研究蛋白质的特征,包括蛋 白质的表达水平,翻译后的修饰,蛋白与蛋白相互作用等,由此获得蛋白质水 平上的关于生理、病理等过程的整体而全面的认识。
Bottom-up and Top-down ? 在蛋白质的水平上进行的蛋白质组
学研究 top-down
1.理想的蛋白质组学研究模式,当
前技术攻关的热点
2.技术上存在困难,近期难以实现
通量化
? 在多肽的水平上进行的蛋白质组学
研究 bottom-up
1.技术相对成熟,是当前蛋白质组
学研究的主流
2.信息不全
Bottom-up蛋白质谱鉴定原理
蛋白质组学数据库
提取样本中的蛋白
产生理论多肽
ASDFJQWEER/YYYTYETFDA
SFISOK/SFADFPPPDMK/A
EOMIGNDFKAJASDR/UPJ
QA
将蛋白酶解成多肽
将计算机模拟的理论质谱
图和采集到的质谱数据比
对,获得多肽鉴定结果,
进而推测出蛋白鉴定结果
SDS, IEF Gel-based
双向电泳2DE
SCX, R P, SEC 分离
HPLC分级
Liquid-based 2D-HPLC
FFE 蛋白质 LC-ESI-MS-MS
MALDI-TOF-MS
MS
ESI-MS 鉴定
MS-MS
MALDI-TOF-TOF
MALDI-Q-TOF
LC-ESI-MS-MS
传统方式:基于SDS和双向电泳分离的质谱鉴定技术
基于2D的经典定量分析方法。
1、样品准备和定量:抽提对照组和各种不同实验组
的蛋白质。
2、蛋白质分离:蛋白质经过2D分离后染色 (银染、考染等)。
3、蛋白质的定性与定量分析:通过与对照组相
Image Master 7.0分析出实验组中差异点,质谱鉴定差
异点蛋白质,同时应用软件分析出其表达量的变化。
基于HPLC分离的LC-MS技术已逐渐取代
基于SDS,2-DE分类的技术
1.对于蛋白的分离受到丰度、等电点、分子量和疏水性等
的限制;低丰度蛋白,极大分子量和极小分子量,极碱和
疏水性蛋白质,都难以进行有效分离
2.操作费时费力,难以实现和质谱的直接联用,不易自动 化
Label-free定量
1.需要好的色谱重现性,ESI喷雾不连续性
和污染物均影响鉴定效果
2.多次重复间归一化与校正非常重要!
? 复杂的蛋白样品首先经过酶解形成肽段,
再经过广泛分级,由自动化的串联质谱鉴
定。这种方法可以分析全细胞裂解样品和
组织抽提物,也可以分析亚细胞分级组分、
分离的细胞器等其他亚蛋白质组。
Label-free实验流程:
1、 样本提取蛋白
2、 胰蛋
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