基于snp的连锁不平衡分析.doc

基于SNP的连锁不平衡分析 刘智广 主讲内容 一、单核苷酸多态性 二、连锁不平衡分析 三、单体型分析 四、应用举例 一、单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphisms,SNPs) 1. SNPs概念 5 SNPs指染色体DNA 序列中的某个位点由于 单个核苷酸的变化而引起的多态性，在群 体中的频率1%。 SNP SNP AACACGATCCGCCATGATATCAGTGACCGTA AACACGATTCGCCATGATATCAATGACCGTA 药物基因组学教研室 SNPs的基本类型 5 SNPs属于二等位基因,有两种基本类型： 转换：嘧啶置换嘧啶 C-T 嘌呤置换嘌呤 G-A GpC岛SNPs发生率较 颠换：嘧啶与嘌呤互换 C-A(G-T) C-G(G-C) 高，约占总SNPs 25%， 主 要 是 C-T。 可 能 胞 嘧 啶是最易发生突变位点； T-A(A-T) 且大多数是甲基化的,自 发脱氨基形成胸腺嘧啶。 5 转换:颠换=2:1 药物基因组学教研室 2. SNPs的特点 5 数量多、分布广：一个个体至少携带300万SNPs， 平均300-1000pb有一个SNPs。有学者推测基因组 约有1000万个SNPs。 5 相对稳定：每一代中每个核苷酸变异频率极低 (10-8)，且这种变化的随机性。 5 易于快速筛查和基因分型：SNPs的二态性标记， 非此即彼。有利于实现高通量、自动化的筛查和 分析。 药物基因组学教研室 3. SNPs的基因型 5 人体除性染色体外，每个染色体都有两份，个体所 拥有的一对等位基因的类型称作基因型。 5 例如，一SNPs(A/G)，则个体在该位点的基因型则： AA AG GG A A A G G G 5 检定个体的基因型，被称作基因分型。 药物基因组学教研室 基因型与表现型 5 表现型(表型)：指由不同基因型与环境共同作用, 而生物体可观测到的物理或生理性状（如疾病）。 基因型 环境 表现型 (疾病) 5 寻找基因型与表现型的关系是遗传学的基本目标。 基因型 药 物 药物基因组学 (耐药、不良反应) 药物基因组学教研室 4. SNPs可用于发现致病基因 携带者 SNPs等位基因 发生疾病的风险↑ 导致疾病的突变 6 大部分SNPs都不具有这种功能性的变异，但 是可以作为寻找致病基因的标志（路标）。 致病 基因？ SNP1 ？ SNP2 ？ SNP8在 这… 致病 基因 药物基因组学教研室 6 为了寻找致病基因所在的区域，可以将病人和正常人 的SNPs等位基因的频率进行比较。 某些等位基因频率 这些SNPs可能 与该疾病相关 比正常人高 SNPs-疾病相关性提示: 致病基因可能存在于SNPs所在的染色体区域 药物基因组学教研室 5. SNPs分析: 基于实验的分析方法 未知SNPs 已知SNPs 温度梯度凝胶电泳(TGGE) 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 单链构象多态性(SSCP) 突变错配扩增检验 实时定量PCR技术 焦磷酸微测序技术 变性高效液相色谱检测(DHPLC) 限制性片段长度多态性(RFLP) 荧光偏振光技术 随机扩增多态性DNA(RAPD) 基因芯片技术 发现含有SNP的DNA链: 测序 SNPs的实验分析方法 可用于基因型的分析 药物基因组学教研室 SNPs分析: 基于公共数据库的方法 5 利用数据库中的大量序列信息，采用生物信息学软 件， 用计算机自动识别,是发现SNPs的新策略和重要方法。 5 与癌症和肿瘤相关的候选SNP数据库： http://cgap. ncbi. nih. gov/ GAI 5 适于生物医学研究的SNP数据库： http:// www. ncbi. nlm. nih. gov/ SNP 5 人类SNP数据库： http://hgbas. cgr. ki.sei 或http//eractiva.de / 药物基因组学教研室 二、连锁不平衡分析 （一）连锁不平衡概念 连锁不平衡（ linkage disequilibrium, LD），又 称等位基因关联，是指同一条染色体上，两个等位基因 间的非随机相关。即，当位于同一条染色体的两个等位 基因（A，B）同时存在的概率，大于人群中因随机分 布而同时出现的概率时，就称这两个位点处于LD状态。 SNP1(A，a) SNP2(B，b) 药物基因组学教研室 假设：位于同一条染色体相邻两个SNP： SNP1(A，a) SNP2(B，b) 3组合方式（单体型）：AB，Ab，aB：ab。 3如果A与B无LD：两个SNP的等位基因相互独立， 随 机组合，概率为AB:Ab:aB:ab=0.25: 0.25:0.25:0.25， AB组合的频率：fAB= fA×fB（等位基因频率） 3如果