beast系列软件使用.docxVIP

单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。单击“ 单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击“ +”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分 类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在 MCMC分析的时候保持单源。 最后可以得到类似： 个人初步总结 第一步beauti软件设置nexw文件的参数最宕文件的格式是.xml 第二步mn bems嗽件最后的格式有」og帆t「ee 第三步trsica软件run设置第一步的参数的合理性 第2M^TreeAnnotator「un最后文件的格武是XX_MCC.tree 第五步FigTree playXX^MCC4reer表现构建的结闵 个人详细使用： BEAUti 1、File- — Import Data —打开NEXUS（beauti软件的NEXUS文件与 PAUP软件的有不同） 文件打开后显示为 2、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类， 这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列 数据。这也允许你去记录每个分类 tMRCA子集最近的共同祖先，设置分布在相应分歧时间的 分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的 DNA序列。这些分类单元可以代 表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是 ，建立一个分类 欢迎下载 欢迎下载 PAGE # 3、选择substituten model 这里主要是模型的选择 substitution model 中主要为三个模型 HKY GTR TN9根据模型构建来选择 Base frequencies 中 Estimated/Emirical/AII equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heteroge neity Model 中 Non e/Gamma/I nv aria nt sites/Gamma+ Inv aria nt sites,None（假定物种的进化保持相同的速率）Gamma物种的进化不是相同的速 率）Invariant sites （数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化 速率是相同的） Partition into codon positions 中 off/2 partitions:positions（1+2）,3/3 partiti on s:positi on s1,2,3 off :分析不能转录成 RNA的DNA partitions:positions（1+2）,3:1,2 段转录比较慢，3段转录比较快 partitions:positions1,2,3 : 3段都有自己的转录翻译速度 有些（name下有两个以上）这时需要选择 Data Partitions 的Unlink Subst Models” 4、选择 clock model 很多选择the relaxed molecular clock models数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。 数据都是用至U the relaxed molecular clock models 很多 选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。 5、tress Tree priors :我们比较多的希望使用 Yule模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序 列不同的种类。 6 Priors 在有数据的情况下，改变设置trmc ()的Priors，其他的参数设置大概估计不 出现红色即可。 7、MCMC Length of chain :取决于数据大小和质量，系统默认为 10， 000， 000 Echo state to screen every禾口 log parameters every :多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上禾口 记录在日志文件中。前一个系统默认为 10，000这个数值不要低于 10,000，不然会有一大 堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度 8输出创建XML文件 Running BEAST Run BEAST加入文件为新建好的 XML文件 Run完以后出现两个文件 XX.log.txt和XX.Tree Analyzing the results 使用 Tracer 软件 打开XX.log.txt查看结果 Select meanRate 去查看 95%HPD 亠 -n 」? TreeAnnotator Obtaining an estimate of the phyloge netic tree 输出 XX_MCC.tree Burnin 数据得到为前面 BEAUti 软件中 a chain length/sampling(800,000/200) 400 的 1%为 40 Posterior probabi